（一）审前程序问题。
审前准备程序是改革中弄得最为混乱的一个问题，有的法院实行庭审法官与取证法官分开的做法，但由于在我国的现行司法管理体制下无法操作，采用书记员取证、执行员取证、甚至法警取证的做法，五花八门。最高法院的规定有助于对这一现象的矫正，却回避了一个热点问题，即按照
民事诉讼法的规定，一切证据都必须经过法庭质证才具有效力，庭前程序由谁准备、准备什么、应当承担什么功能等等，都需要深入研究。
（二）证据制度问题。
１．法官与当事人在举证责任中的角色分配问题。
民事诉讼法规定“审判人员必须认真审核诉讼材料，调查收集必要的证据”，将法官作为一定范围的举证主体，这一规定受到改革的挑战，但改革中理论界和一些法院提出完全由当事人方面调查证据的措施，是否符合我国目前制度运行的外部环境，已经引起实践部门的普遍异议，改革遇到了强大的阻力。现在这一改革措施许多地方处于停滞不前的状态，对于造成这种状况的原因，哪些是改革的“阵痛”，是制度变迁必须支付的的代价；哪些是革除陋习时可以避免或减少的制度变迁成本，理论界也持不同看法，尚待进行实证研究。
这一问题根本上取决于法官与当事人及其律师的职能分工，我们既要追求改革的长远利益――例如消极法官的职能有利于保障判决的公正，又必须综合考虑在我国特定的诉讼文化背景下按照对抗制下的职能分配对于我国社会整体诉讼成本和收益的现实影响。对于审判人员确有必要调查的证据，司法解释已有一个具体限制，但关于“人民法院认为需要自行调查收集的其他证据”之规定的弹性，很大程度上抵消了这一明确限制的意义。与此相关的问题是质证主体的问题，既然一切收集提供证据的人都应当就该证据取得的程序是否合法、是否客观真实回答质证主体的提问，所以，有人认为如果法院保留收集、调查证据的权限和职责，则理所当然地应成为质证和被质证的主体，那么保障司法的严肃性和权威性怎样才能不受影响，例如如何处理法官收集的证据在庭审中接受质证与避免庭审法官与当事人之间发生辩论的问题。[11]关于处理法院调查与当事人举证责任的关系问题，有人认为当事人不能提供的证据由法院调查收集的规定削弱了民事举证责任分担规则的功能；[12]最高法院规定由人民法院调查的证据未能收集到的，仍由负有举证责任的当事人承担举证不能的后果。这涉及对举证责任内涵的认识。这些问题只有把举证责任制度放在整个诉讼程序制度的功能中进行系统研究，才可能获得合理的答案。
