然而，如果笔者主张成立的话，这又可能产生另外两个“恶果”：（1）要么检察院不敢存疑不起诉（怕存疑不起诉后进行赔偿），（2）要么检察院不敢批捕（怕存疑不起诉后认定“逮捕错误”，也要进行赔偿）。笔者认为，对于前者倒可通过观念的转变与制度的制约来解决，但对后者则颇为棘手。因为这有可能导致把审查起诉的条件视为逮捕的条件，即按起诉的标准来批捕。因为只有如此，才能防止前期逮捕“合法”，但以后由于“证据不足”、不符合起诉条件、作出存疑不起诉决定，从而否定原逮捕“合法”性的窘境的发生。这有可能导致又重回1979年刑诉法的老路——逮捕条件过严，检察机关因怕“错捕”而干脆不批捕[1]。这是我们在对被存疑不起诉案件进行赔偿时必须警惕的一种倾向。
同时，对于存疑不起诉的案件，如果对被不起诉人已经“逮捕”的应当进行赔偿，笔者认为，它也应适用于“拘留”（而我国《
国家赔偿法》仅规定对“没有犯罪事实或者没有事实证明有犯罪重大嫌疑”的人“错误拘留”，才进行赔偿）。这时就有可能发生拘留“合法”，但作出存疑不起诉了，拘留机关也应进行赔偿的情形（这时“拘留机关”不限于检察机关）。这样的话，就有可能导致刑事赔偿的范围大增。笔者认为，这是件好事，它标志着对人权保障尤其是对被告人人权保障力度的加强。因为对一个法律上“无罪”的被不起诉人而采取的任何拘留或逮捕的羁押措施，无论如何都不能认为是正当的。
另外，关于存疑不起诉的救济途径，《
刑事诉讼法》第
145条规定，如果被害人对存疑不起诉决定不服的话，“可以自收到决定书后7日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告之被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被告人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。人民法院受理案件后，人民检察院应当将有关案卷材料移送人民法院。”这时就发生一个问题，即如果人民法院经过审理，认定原被存疑不起诉人有罪的，这时还应否进行赔偿？笔者认为，这时不应再进行赔偿。因为“公诉转自诉”后，法院经审理认定被存疑不起诉人有罪，这实际上是对检察院存疑不起诉决定的否定。这时按《
国家赔偿法》的规定，一般不会发生刑事赔偿问题，因为《
国家赔偿法》要求对“错误拘留与逮捕”进行赔偿的都限于“没有犯罪事实”的情形（“错误拘留”的还有“没有事实证明有犯罪重大嫌疑”的情形）。但如果人民法院对被存疑不起诉作出了无罪判决，这时仍应进行赔偿。
