第二层次：（1）对“没有犯罪事实”的人“错误逮捕”的，应当进行赔偿（免责的除外）；
（2）检察机关的存疑不起诉决定实质上是一项“疑罪从无”的“无罪认定”，被不起诉人法律上被认为是一个“无罪”的人，这同时意味着他“没有犯罪事实”；
（3）所以，对一个“没有犯罪事实”的人（即被不起诉人）“错误逮捕”，应当进行赔偿（免责的除外）。
（注：以上“大前提”都是《
国家赔偿法》的明文规定。）
总之，通过上述两个层次从“大前提”、“小前提”到“结论”的推衍，我们可以得出一句明确的结论：检察机关对于已经批捕而又最终作出存疑不起诉决定案件中的被不起诉人，应当进行赔偿。
这样，我们从存疑不起诉“无罪推定”的效力出发，得出检察机关应当进行赔偿的结论。至此，本文似乎已经完成了驳论与立论的任务，然而事情并不如此简单，还有更棘手的问题等着我们。因为从结论来看，检察机关对于已经批捕而又最终作出存疑不起诉决定案件中的被不起诉人，应当进行赔偿。这就意味着，对一个有可能完全是“正确”的逮捕（即逮捕时“有证据证明有犯罪事实”，且符合逮捕的其他两个条件），但由于检察院在审查起诉时因“证据不足”而作出存疑不起诉的决定，导致检察院也应进行赔偿。这也就是说，不管原先的批准逮捕“合不合法”、“正不正确”，只要检察院作出存疑不起诉的决定，都发生国家赔偿问题。
这于法理是否相悖？笔者认为，它是讲得通的。这是因为，存疑不起诉决定实质上是一个“无罪认定”，被不起诉人在法律上是一个“无罪”的人，试想对一个法律上“无罪”的、“没有犯罪事实”的人进行逮捕，岂不是冤枉无辜？对一个“无罪”的人实施了逮捕，当然应当赔偿！
然而细心的读者定会发现，这里还有一个冲突：即对一个法律上“无罪”的、“没有犯罪事实”的人进行逮捕，这样的逮捕还算不算得上“正确”、“合法”？如果是“正确”、“合法”的话，为什么会对一个“无罪”的人逮捕？（连起码的逮捕的条件都不具备！）可见，这里存在悖论。
笔者认为，在一个存疑不起诉的案件中，被不起诉人如果已被逮捕的，这样的“逮捕”应被认定为既不“正确”，也不“合法”，它完全是非法的。也就是说，此处我们实际上是以存疑不起诉的效力来否定了前期逮捕的正当性与合法性。这样，再对遭受“非法逮捕”而被存疑不起诉的人进行赔偿，也就名正言顺了。
