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这些例外事项包括关税、知识产权、区域经济一体化和国家间的相互承认的例外。国际投资中关税问题的条约订立的主要目的是避免对缔约国投资者的双重征税，假如在关税方面给予投资者最惠国待遇，则将会导致东道国失去大量的财政收入，而且也不利于对投资者的有效管制，因此几乎在所有处理关税问题的投资条约中，都规定最惠国条款的例外适用。
在知识产权方面，多数双边投资协定和有关知识产权的多边协定中也都规定最惠国待遇标准的例外，允许东道国规定取得知识产权的要求，而且还可以规定在双方具体互惠的基础上给予最惠国待遇，即在知识产权方面给予对方投资者最惠国待遇的前提是对方也给予东道国投资者在其境内以对等的待遇。而且还允许缔约国对版权的取得和内容的规定背离最惠国待遇标准。13世界贸易组织的《与贸易有关的知识产权协定》（TRIPS）对此作了肯定性的规定：……成员国可以基于以下原因而免除其义务：……根据1971年的《伯尔尼公约》和《罗马公约》的规定……是正当的。14在晚近OECD的《多边投资协定》（草案）中，也肯定了国民待遇和最惠国待遇在这个领域的例外。
在区域经济一体化组织（REIO）协定中通常包含着一个所谓的“区域经济`一体化组织”条款，在该条款之下，成员国没有义务将它们给予其它成员国的优惠待遇给予与其订立有最惠国条款的外国投资者。但是该条款往往只适用于市场准入阶段，假如一个区域经济一体化组织成员国采取了对所有国家投资者均适用自由化措施时，或者当一项投资已经进入该国家以后，该投资者通常可以要求享受与成员国投资者相同的待遇。15
国家间互相承认这种法律行为通常发生于邻国之间，它的目的是为方便各自国民之间的边境贸易而采取的相互给予对方国民以特殊待遇，因此将这些待遇给予任何国籍的投资者是不实际的也是不可能的。
（三） 具体国家所实行的例外
这种例外主要发生于多边条约实践中，因为一项多边谈判，必须考虑到谈判方的各自实际情况和利益，经过相互的妥协之后，在一些比较次要的问题上，还必须允许某些缔约方做出保留，平衡各方利益之后，方可能达成协议。但它们在同意缔约国做出保留的同时又对此做出限制，通常是规定了保留的期限和允许做出保留的期间，一般都不允许缔约国在加入条约之后采取新的保留。16
六、结语
最惠国待遇标准具有多边自动传导效应功能，它是国际投资协定的一项核心原则。同时，这项标准又允许缔约国根据本国的政策取向而灵活地采取相应的措施，包括决定是否将该项待遇给予市场准入的投资，还是仅仅同意将该待遇适用于外资的经营阶段；而且还可以通过保留和利用最惠国标准的例外措施，从而实现本国的政策和目标。但最惠国待遇的本质并不鼓励对其实行任何的限制，一般来说，只有当该政策和目标是为了促进东道国经济发展时，才认为它所采取的措施是合适的和正当的。
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