其次，由于已实行指定管辖的法院“另起炉灶”，使得少年刑事指定管辖的运作模式极为混乱，因此法律的统一性遭到了严重破坏。据了解，当前比较典型的指定管辖主要有以下四种模式：（1）“公安直接移送式”，即由发案区（以下简称甲）公安机关将案件移送到指定管辖区（以下简称乙）检察机关，然后由该检察机关由直接向本区指定管辖法院提起公诉。（2）“检察横向移送式”，即由公安机关将案件移送甲检察机关，甲检察机关又移送到乙检察机关，最后由乙检察机关再起诉到乙法院。（3）“法院多环移送式”，即先由甲公、检、法之间按照正常程序操作之后，由甲法院通过上一级法院办理书面指定管辖手续，最后将案件移送给被指定管辖的乙法院审理。（4）“公安双向报送式”，是指甲公安机关提请逮捕时仍向甲检察机关报请，但移送审查起诉时，则由甲公安机关直接向乙检察机关移送，然后由乙检察院向乙法院提起公诉。众所周知，法治的基础在于建立国家内部统一的具有普遍约束力的法律体系，并保证其遵守和执行，不允许各地区、各部门各行其是，制定和推行有悖于法治统一性原则的各种法律规范与制度。因此，上述各种所谓因地制宜的指定管辖运作模式是对法治统一性的恣意践踏。
再次，指定管辖改革违反了《
刑事诉讼法》关于地域管辖的规定。根据我国《
刑事诉讼法》第
24条的规定，刑事案件原则上由犯罪地的人民法院管辖，如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。考察一下未成年人指定管辖的四种运作模式，可以发现本该对未成年人刑事案件没有管辖权的办案机关却大量地行使了管辖权。不管按哪种模式运行，其最终却是由指定管辖区的检察院向指定管辖区的法院提起公诉。假如指定管辖区检察院与法院就是案件的犯罪地或涉嫌犯罪的未成年人所在地，案件由它们管辖应属顺理成章，这实际上和改革之前并无二致。但是，假如指定管辖区检察院与法院不是案件的犯罪地或涉嫌犯罪的未成年人所在地，而发案地即犯罪地的办案机关还要按照未成年人刑事案件指定管辖的规定向它们移送，这岂不是使原本没有管辖权的检察院、法院具有了管辖权吗？而其“祸根”就在于未成年人刑事案件指定管辖制度的实行。
最后，实行未成年人刑事案件指定管辖，势必会使案件在三个以上机关进行转移，使指定管辖区检察院、法院受理外域移送的案件，较之受理本地的案件，在送达司法文书、提审、庭审等诉讼过程时间耗费、交通、通讯等费用均会相应大幅攀升。
