因此，欧盟、日本等对转基因生物及食品实施强制性的标识制度，实际上也是为了维护国家利益所采取的贸易保护措施。欧美之间经常为了自身的贸易利益而爆发贸易大战。如今美国价格便宜的转基因食品涌入欧洲，必然对当地农民和农产品构成严峻挑战。为了保护农民的利益，欧盟采取加贴标识等抵制、限制措施也就不足为怪了。由于欧洲食品商的抵制，美国转基因农产品对欧盟的出口严重下跌。据世界观察研究所提供的数据，美国对欧盟的大豆出口从1998年的1100万吨下跌到1999年的600万吨，玉米出口从1998年的200万吨下跌到1999年的13.7万吨。 对此，美国指责欧盟实行的强制性标识制度实际是一种以确保转基因生物安全性为名、行贸易保护之实的“绿色贸易壁垒”。它认为欧盟的标识制度是“不透明的、无法预测的和非科学的”，在现阶段的舆论导向下，加贴标识无疑是告诉消费者不要购买该种食品。因此，它实际上是“对国际贸易构成了变相限制”的贸易壁垒。
欧盟对美国的指控予以了坚决地反驳。欧盟指出，世界贸易组织《技术性贸易壁垒协定》在前言中明确规定，只要“措施的实施方式不在情况相同的国家之间造成武断的或不合理的歧视，或构成对国际贸易的变相限制”，就“不应阻止任何国家在其认为适当的范围内采取必要措施，保护人类、动植物的生命或健康及保护环境。”在转基因食品上加贴标识，是为了保护人类、动植物的生命或健康和保护生态环境而实施的一项安全保障措施，是符合《技术性贸易壁垒协定》规定的。
两年来，双方在此问题各持己见，争执不休。为了解决问题，2001年12月，布什政府首席贸易谈判官罗伯特·左利克在比利时布鲁塞尔与欧盟的贸易专员专门就此事进行了磋商，但没有取得任何进展。在此情况下，左利克在2月28日宣称，美国“极有可能”针对欧盟的措施向WTO争端解决机制提起申诉。
极为巧合的是，就在美国准备向WTO提起申诉针对欧盟的申诉时，中国颁布了关于转基因标识制度的
《标识管理办法》和
《进口管理办法》。美国是中国转基因农作物的最大进口国，美国转基因农作物在中国市场上大概占有10亿美元的份额，仅在1999年我国就从美国进口了约200万吨的转基因大豆。中国入世之后，美国一些大的转基因作物出口商（如孟山都公司）本来希望在中国入世之后，在各种贸易限制措施不断消除的情况下，扩大美国的转基因作物对中国的出口。但是，中国这两项法规，极大地打击了美国大豆等农作物对中国的出口。由于中国广大消费者对转基因食品普遍持有观望甚至是怀疑态度，而在美国70%的大豆采用的是生物基因工程培育的种子，因此标识制度的出台等于宣布了美国转基因作物在中国作物和食品市场上的“死刑”。事实也似乎证明了这一点，两项法规颁布不久，就有美国出口商宣布，取消对中国22万吨玉米的出口计划，而这22万吨玉米本来是已经装船完毕准备交付中方的。 在此背景下，美国出口商就怀疑，中国在玉米库存高达6300万吨的情况下实行转基因作物标识制度实际上是一种贸易保护措施。因此，他们要求美国政府向WTO争端解决机构对中国的措施提起申诉。
