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在生态环境方面，人们认为转基因技术可能产生以下几个方面的生态危险性： 1、污染传统作物。传统作物包括数量庞大的品种，在它们的染色体上，均储存有人类所需的各式各样性状基因，是人类通过几千年培育和选择保留下来的，是一个巨大的资源。但随着转基因作物中的转基因扩散到传统作物上，传统作物的染色体被各种各样的转基因所充斥，我们将无法保留这些传统作物的原有性状。2、污染自然界的生物基因库。近年来国外已有研究报道，转基因玉米的抗除草剂基因已漂散到附近地区野生的芜箐植物上。一些转基因生物，如转基因鱼类、转基因无脊椎动物和转基因森林、转基因藻类，都具有极强的繁殖力，或向外界释放大量的生殖配子，而其周围自然环境也存在许多有性繁殖相容性的野生种和近缘种，这些野生物种很容易受到同类转基因物种转基因的污染。3、影响自然界的生态平衡。基因漂散的结果可能使某些野生物种从转基因获得新的性状，如耐寒、抗病或速长等，因此可能具有更强的生命力；但也可能使其生命力更弱，因为它们没有经过自然选择这样的进化过程。不管是哪种结果，均将打破自然界的生态平衡。4、能够在自然界增殖和扩散。基因是一切生命的基本组成部分，而繁殖又是生命的基本特征。生命繁殖的本质就是基因的复制。基因污染是在天然的生物物种基因中掺进了人工重组的基因。这些外来的基因可随被污染的生物的繁殖而得到增殖，再随被污染生物的传播而发生扩散。因此，基因污染是一种非常特殊又非常危险的环境污染。
虽然人们对上述问题的担忧并未得到科学上的完全证实，但也没有充足的科学证据和论证能对其加以否定。因此，转基因生物及其产品的安全问题就成为始终笼罩在人们心头的阴影。
二、转基因标识制度——国际社会加强转基因生物安全管理的共同选择
尽管现代生物技术为人类解决粮食、医药和环境等重大问题提供了诱人的前景，但转基因生物的环境释放、进出口和开发利用对生态环境和人体健康构成潜在的风险和严重的危害，这些问题还是引起了许多国家的高度关注。为保证转基因生物的安全性，各国一般都对转基因生物实行全程的监控。培育实验转基因生物，首先要向国家有关农业主管部门申报，经审查后方能进行相应的工作；当转基因生物培育完成后还要向主管部门提出安全性评审申请，由主管部门组织专家评审通过后才能进行产业化。而以转基因生物为原料制作的食品在进入市场前还必须由管理当局进行强制性审核，只有在被查明在合理的范围内达到确实无害的标准后才能被批准销售。
尽管如此，世界各国的普通公众对转基因生物及食品的安全性的担忧越来越严重，其中欧洲的消费者抗议和抵制转基因食品最为厉害。 据国际民意调查显示，66%的法国人认为转基因食品对健康有害，在英国也只有14%的人表示接受该类食品，大多数消费者对转基因技术的安全性持怀疑态度。法国一些农民曾把水果、蔬菜甚至牛粪倾倒在一些快餐店门前，抗议他们出售的牛肉面包和土豆中含有转基因成分。现在，世界上最大的转基因食品生产国——美国的公众也开始盘查转基因食品的安全问题了。2002年2月，美国最大的食品制造商卡夫食品公司开始遭遇来自公众的压力。一个绿色健康组织强烈要求该公司去除其产品中的转基因配料。他们认为，转基因玉米的安全性没有得到充分检测。
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