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(4)组织机构不同。司法会计鉴定是由司法机关主持进行的，审计是由审计机关或审计中介机构主持进行的。
(5)基本法律依据不同。司法会计鉴定是依据国家的诉讼法律的规定实施的，审计是依据国家的审计法律实施的。
（二） 主体差异
(1)主体的产生程序不同。司法会计鉴定人是由司法机关指派或聘请的，且不需要鉴定事项涉及单位的委托或认可，司法会计鉴定人与任何单位和个人都没有委托和被委托关系。审计人员是由审计机构指派或聘请的，除政府审计外，中介审计机构需要接受委托，才能委派审计人员进行审计活动。
(2)主体的范围不同。司法会计鉴定人可以由司法机关指派或聘请的，具有司法会计专业知识的专职司法会计技术人员、会计师、审计师和注册会计师担任，而审计通常只能由审计师和注册会计师进行。
(3)主体的诉讼地位不同。司法会计鉴定人是诉讼参与人，享有特定的诉讼权利和诉讼义务，而一般意义上的审计人员不是诉讼参与人，即使涉及诉讼时，通常只是作为当事人或一般证人。
(4)主体的法律责任不同。
（三）操作程序差异
(1)操作环境不同。首先，司法会计鉴定属于诉讼措施，在获取检材和实施技术检验方面，有比审计措施更强的其他诉讼措施作保障；其次，司法会计鉴定证据是由侦查、检察和审判人员获取并提供；审计证据是由审计人员直接获取，并由被审计单位直接提供的。
(2)操作手段方面的差异。首先，由于法律诉讼中存在着诉讼分工，司法会计鉴定人只能采用技术手段（检查、计算、分析性复核验证等）来完成鉴定，而审计人员除技术手段外，还可依法采取各种非技术手段来完成审计任务，如监盘、观察、查询及函证。显然，司法会计鉴定更强调技术性。其次，有些审计应当或可以采用的技术手段，如抽样审计、鉴定等，司法会计鉴定中也不允许采用。
(3)操作过程方面的差异。司法会计鉴定的基本程序是先结论后验证，具体的操作程序通常包括鉴定准备（受理、受检、备检）、初步检验（阅卷、测试检材质量、做出初步结论、制定详细检验论证方案）、详细检验、制作鉴定结论等四个阶段。涉及的基本程序是先审计后结论，具体操作程序通常分为审计准备（接受委托、测试内控制度、制定审计计划）、实施审计、制作审计报告书。
(4)操作过程中发现问题的处理方式差异。司法会计鉴定人与其他办案人员之间存在着分工负责、相互配合、相互制约的关系，司法会计鉴定人在鉴定中发现与鉴定有关或无关的重要线索或证据时，应当案件承办人进行收集、固定，不得自行处理；审计人员则可以自行处理审计中发现的舞弊等问题，并做出相应的结论。
（四）工作结果差异
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