CSD参与人自身还会有客户，这些客户（投资者和中介机构）只能在CSD参与人处开立证券帐户，由CSD参与人替自己存管证券。同时，间接持有方式的惯常作法是，对于客户持有的同一种证券，在本机构内设立一个该证券的总帐户，在混同基础上记录所有客户的证券，然后这个总帐户下设立该客户名义的分帐户，记录以该客户名义持有的证券数量。
　　例如，美国DTC有600多个参与人，主要是各类证券经纪机构、银行和区域性证券托管人。Euroclear则有近2000个参与人，来自近一百个国家。这些参与人基本上涵盖了世界上主要的证券中介机构，不仅使得证券业务国际化，而且由于间接持有体系的自身交易特点，极大地分担了在直接持有方式下中央托管机构帐户变动的工作。
　　3、CSD参与人的客户某些可能是从事证券经纪等中介服务的机构，那么这些机构仍然拥有自己的客户群体，客户在这些机构内开立证券帐户。这时，帐户的开立、证券的混同以及帐户持有人名义等方面需要遵循的惯常作法与在CSD参与人处开立帐户时的相同。因此，从结构上来看，处于间接持有最底层的证券投资者与发行人和CSD之间的层次可能是很多的，形成一种金字塔式的持有形态。
　　从上往下看，发行人只需要与CSD打交道，CSD与其参加人（主要是大的中介机构）打交道，CSD参加人与下一级的中介打交道，最后是某一个具体的中介机构与自己的客户（证券投资者）打交道。
　　从下往上看，投资者不但不会出现在发行人保有的证券持有人记录上，也不出现在CSD的证券记录或者帐户之中，也不出现在与其没有直接关系的上层中介的证券帐户记录上，只是在自己的直接中介机构处在某一种证券下面保有一个分帐户；同时他们也不拥有证券凭证本身。因此，在这样一个典型的间接持有体系中，投资者的权益完全依赖于他在直接中介处开立的证券帐户，而且由于帐户的混同记载，其也无法向上一层中介主张权利。
　　相对于直接持有体系来说，间接持有体系，辅之于计算机技术和通讯技术的发展，以及与清算结算方式相配套作用，在交易量巨大的国内和国际证券市场上，能够提高证券结算、登记的效率和安全性，比较有效地解决证券交易、清算以及登记后最后一步问题。因为，只要通过帐户的变动，无需交付证券凭证，也无需在发行人的登记簿上变更，交易过程就可以完成，降低了流通中的丢失/偷盗等风险，降低了成本，提高了效率；辅之于银货对付（delivery versus payment，DVP）的证券与资金清算方式的日益流行，减少了证券和资金交收时间不一致产生的信用和流动性风险，也适应了证券交易电子化和国际化的趋势，因此越来越多的运用。根据有关报告，现在世界上大多数的证券通过这种间接体系持有。
　　下面以一个例子简要说明在一个间接持有系统内部的证券过户：如果两个投资者（例C-1，C-2）都是某一个中介机构的客户，他们之间就某一证券买卖达成了交易，那么只需要由这个中介（中介B-1）相应地在其客户（C-1,C-2）的帐户上贷记和借记就可以了，不需要在CSD或者证券登记人变动，也不在需对上一层次的中介机构（中介A-1）的此证券帐户作任何变动。如果两个投资者分别通过不同的中介进行交易（C-1与C-3），那么转让就稍微复杂一些，那就是需要找到两个投资者的中介机构（B-1与B-2，或者上层中介机构）都开立有帐户的中介机构（图例中为中介A-1，在一些情况下也可能是CSD了），由这个中介（A-1）在下层中介机构（B-1与B-2）持有的帐户上作相应的借记和贷记，然后相应的对再下一层中介的帐户作借记和贷记，最终在客户（C-1,C-2）的帐户上贷记和借记，完成过户。

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