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2． 违背了人民检察院作为公诉人的法定职责
人民检察院是代表国家行使追诉犯罪的执法机构，如果可以撤诉，办案人员在工作中就可能不会认真审查案件，导致该起诉的没诉，不该起诉的起诉，致使人民检察院的公诉职责不能正确实现。
3． 侵犯了犯罪嫌疑人（被告人）的合法权益
人民检察院公诉的案件撤回起诉后，不少案件都是采取将被告人取保候审的方式不了了之。对于这部分案件的被告人来说，将面临无法洗清罪名的严重后果。精神上要承受巨大的压力，由于没有明确的结论，也无法向办案机关申请国家赔偿。
4． 放纵了公安机关、检察机关、人民法院违法办案
虽然公安部三令五申禁止公安机关插手经济纠纷，但是公安机关中总有一部分人出于个人或者小集团利益而插手经济纠纷，其结果往往是一个错案；虽然公、检、法机关都有严格的立案标准，但总有人利用个人的影响办私案，其结果常常会不是冤案就是错案。
由于办案机关所办人情案在出了问题时可以通过人民检察院撤回起诉，而将被告人取保了事，因而不存在办案风险，所以，公诉的案件人民检察院的撤诉权成了公、检、法机关违法办案的保护伞。
5． 影响了法律的权威
尽管办案机关所办人情案只是个别现象，然而对于当事人来说却是百分之百。由于人情案、关系案在社会上所造成的恶劣影响，会使人们感觉到法律是没有权威的，办案机关的办案人员可以随意将其玩弄于股掌之间，除非执法机关及其执法人员愿意真心实意地遵守法律。
三、立法设想
我国刑事法律已经明确规定：任何人未经人民法院审判，均不得认定有罪。在司法机关行使刑事司法权追究犯罪嫌疑人时，犯罪嫌疑人的很多权力受到了限制。如果经过人民法院的审判确定被告人有罪，被告人在被宣告有罪之前所受到的权利限制，一般将折抵其应受之惩罚；但是，如果经过人民法院的审判确定被告人无罪，被告人在被宣告无罪之前所受到的权利限制，只能通过国家赔偿来适当补偿；而另一种情况，经过人民法院的审理之后，既不宣告有罪，也不宣告无罪，而是由人民检察院撤回起诉，则使被告人处于一种十分尴尬的境地：国家和社会对其评价不确定，使其无法正常地在社会中从事经济活动、受雇受聘、担任公职，无法正常地生活、学习、出国等等。显然，人民检察院的撤诉权严重地侵犯了被告人的合法人权，有取消的必要性。
如前所述，人民检察院的撤诉权仅仅只是为了维护公安、检察机关的颜面而设，取消撤诉权也不会有什么危害，有取消的可能性。
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