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（2）当代立案制度背离了科学的认识规律。
科学的认识规律，也就是马克思主义认识论。认为实践是认识的基础，实践对认识起着决定作用。还认为一种真理性的认识，往往要经过实践、认识、再实践、再认识的多次反复才能达到。以此认识规律来指导侦查工作，要求侦查人员对案件真实情况的认识必须建立在实践的基础上。也就是说，要认定某起事件是否有犯罪事实，是否需要追究刑事责任，必须先进行侦查。只有经过深入细致的侦查才能搞清该事件的性质。而且为了弄清事件的真实情况有时还必须经过一个不断反复的过程。如果在侦查之前，在接到报案、控告、举报、自首之初就对事件性质作出肯定性的判断显然违背了科学的认识规律，这种判断也必然是缺乏可靠的事实基础。而当代立案制度却要求侦查人员在侦查之前就必须对其所面对的事件进行一个“肯定性的判断”。这种判断其可靠性可想而知。而如果以当代立案制度去规制诉讼行为的话，侦查人员的思维则极易陷入紊乱之中。一方面是还没有侦查就要作出一个判断；另一方面是这一判断只是一个或然性的判断，却往往容易导致各种各样的人把这一判断当作肯定性的判断，而一旦把它当作肯定性的判断，就会误导人们犯先入为主、有罪推定等错误。同时，如果以此带有或然性的主观判断作为侦查立案的实体基础，显然也直接影响着整个诉讼活动的根基。
（3）当代立案制度与无罪推定原则精神相背离，有审前预断之嫌疑。
“目前的立案制度是基于侦查人员对案件事实及其法律后果的判断，其带来的程序方面的后果是决定了案件的处理方式＿＿是公诉还是自诉；其带来的实体的后果则是对被控告人（包括自首）之法律责任的预断＿＿是有罪还是无罪，或者说案件性质是刑事案件还是治安案件。”（注：刘瑞榕.刘方权［J］.中国刑事警察，2002.（2）. ）
当前，我国公安机关行使着行政和司法两种不同的权利，因而在公安机关内部的同一个部门就可能行使着行政和司法两种权利。在实践中，有时当同一个部门面对同一行为，面对实体完全相同的事件，但由于立案时的预断不同，而使事件在处理程序和实体结果上发生差异。有时可能在程序上出现公诉与自诉的混淆，有时可能在实体上出现刑事案件与治安案件认定上的偏差。这种侦查之前就作出的预断不可避免地会导致程序与实体上的种种错误，也显然与无罪推定的诉讼原则背道而驰。
（4）当代立案制度为不实立案和“不作为”开了方便之门。
我国的立案主要是取决于受案单位的主观“认为”。认为具备了条件的就立，不具备条件的就不立。这种主观“认为”有很大的随意性和危害性，使立案这种看似很严肃的行为成了一种由个人或个别单位说了算的行为。我国刑事诉讼法第87条规定：“人民检察院认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，或者被害人认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查，向人民检察院提出的，人民检察院应当要求公安机关说明不立案的理由。人民检察院认为公安机关不立案理由不能成立的，应当通知公安机关立案，公安机关接到通知后应当立案。”尽管我国设有专门的立案监督机构，但由于侦查活动自始至终都由侦查机关主导着，“检察官并不居于三角结构的顶端”，检察部门的立案监督只能是一种偏袒起主导作用的侦查方。
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