然而，专家组不仅要适用DSU的有关规定，而且在某些情况下还要适用其它适用协定中所规定的争端解决的特殊或附加规则。因为DSU第1.2条规定，“在本谅解的规则和程序与附录2所列特殊或附加规则和程序存在差异时，应以附录2中的特殊或附加规则和程序为准”。而就磋商而言，例如SCM(补贴与反补贴措施)协议第4.1条至第4.4条的规定。就此问题，上诉机构曾裁定：“我们认为，DSU第4条和第6条，以及SCM协议第4条第1款至第4款，规定了申诉方必须要求磋商的程序，而且磋商在将某一事项提交DSB要求设立专家组之前必须进行。…” 〖7〗
　　总之，考虑到DSU第6.1条所实质要求的经一方请求时专家组设立的自动性，原则上不能指望DSB确认,已经进行了必备的磋商而且只有如此才能设立专家组，除非其他适用协定中明确规定如此要求，例如SCM协议。
三、磋商程序对专家组职权范围的界定的影响
　　如前所述，DSB以及专家组都不介入磋商程序，磋商是在没有秘书处的参与下进行的。然而尽管如此，我们并不认为磋商的问题完全处于专家组的审查范围之外。如上文所注意到的，专家组在此方面要确认，磋商是否被适当的请求了，即根据DSU的条款，申诉人是否准备与被诉人进行磋商；如果经请求，是否实际上进行了磋商；以及在申诉方请求设立专家组之前60天的期限是否已经经过。总之，一方将无权要求设立专家组，除非已经进行了磋商或是被诉方不准备进行磋商。但这只是从磋商对专家组的有效设立的影响这个角度来看磋商的法律地位；我们下文将要讨论的则是，在对专家组的有效设立没有疑问时，磋商程序对专家组的职权范围（terms of reference）的界定的影响又是如何呢？具体而言，专家组对其职权范围内的事项的审查是否，以及多大程度上受到磋商所涉及事项的范围的影响？
　在Brazil-Aircraft (DS46)一案中，加拿大设立专家组的申请中包含了一个管理本案所涉及的PROEX项目的临时措施、法律法令以及其它法律文件的清单。巴西反对专家组审查这些“措施”中的一部分，因为巴西认为这一部分是在当事方之间的最后磋商之后才颁布或生效的，因此没能够也不可能成为磋商的主题。就此问题，专家组裁定如下：〖8〗
“我们首先忆及我们的职权范围是由加拿大的设立专家组的申请，而不是根据其磋商请求决定的。这些职权范围由DSB根据DSU第7.1条确立，并确立了我们的工作范围（parameters）。DSU的条文以及SCM协议第4条中都没有任何条款规定，专家组工作的范围是由先前的磋商的范围所支配。我们认为，我们也不应该通过某种方式寻求将如此要求引入WTO协议。磋商的目的之一，根据SCM协议第4.3条的规定是，‘澄清有关情况的事实’，因此可以预期磋商过程中所获得的信息能使得申诉方，将其寻求设立专家组的相关事项集中。因此，将专家组程序的范围限制为与举行磋商所针对的相同的事项，可能会破坏专家组程序的有效性。”

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