再次，分级管理的导致了司法的“泛行政化”。司法机关的工作本在于依法独立行使检察权、审判权。而分级管理却让不管是当地党委还是当地政府都自觉不自觉地将当地司法机关纳入自己的管理之下：对司法机关而言，党委组织的下乡扶贫要支持，计划生育要抽调，文明机关创建要参加，招商引资任务要完成等等，与检察、审判有关无关的种种活动使得司法机关疲于应付。而另一方面，各地政府对
宪法所明文规定的“一府两院”毫不避讳，硬生生地将“深化司法改革，严格执法，公正司法”加入到每年政府工作报告中，全无有“违宪”的察觉。这也难怪，在地方政府的眼里，由他们供给的地方司法机关可不就如同政府内一个普通的职能部门一样么。不得不提的是，司法的“泛行政化”不但表现在这些外部表征上，更造就了司法机关内部的机构雍肿，效率低下，甚至司法官员的管理也被过份公务员化。虽然从1999年开始，全国各地不恰当地机关都开展了法官和检察官的等级评定工作，但每位法官和检察官都清楚地知道，这些“业务等级”只是个“虚名”和“摆设”，搞搞形式而已，“副科”、“正处”等行政级别对他们才更有意义：工资、福利、劳保，甚至连配坐什么车辆、有无专职秘书等都由司法官的行政职级来决定。而且司法官的衔级评定也是与行政职级相对应的，不少地（市）级司法机关都规定，只有副科级以上行政职级者才能被提请任命为助理审判员或助理检察员，只有正科以上行政职级者才能被提请任命为审判员或检察员，而在省级司法机关，提请任命法律职称的行政职级限制还要高。如此高度行政化的外部和内部管理机制，加剧了司法的官僚化，并直接影响了司法的效率，既不利司法工作的开展，更不利于司法队伍整体素质的提高。
与分级管理相对应的司法保障体制便是垂直管理。其具体内容包括：最高司法机关党委成员由党中央选配和管理；省级司法机关党委成员由最高司法机关党委主管，地（市）级司法机关和基层司法机关党委成员由省级司法机关党委主管。在财、物等司法资源的供给上，则应将司法经费单列，列入国家预算，经全国人大批准后，国务院统一拨款，由最高司法机关统一支配和管理。自然，司法机关的垂直管理体制并非是在与海关、工商、税务、质量监督等部门的类比之后的简单效仿，而是司法的性质和特色的必然要求，是维护国家法制统一的必要保证，也是理顺司法管理体制的前提和关键。
不得不提的是，实现司法机关的垂直管理首先还在于应扭转思想认识，要勇于打破过去那种一说到垂直管理就认为这是在党内闹独立，是脱离党对司法的领导的错误思想。应当看到，分级管理和垂直管理都是党的领导，只是实现的方式不同，都是一级服从上一级，最后统一服从于中央。这不仅不是削弱党的领导，还是在体现司法管理规律的同时切实加强党对司法机关的领导的表现。然而，长期以来，我国对垂直管理的认识并未得到统一。
在新中国52年的司法制度史上，垂直管理的命运可谓坎坷。以检察制度为例，从1949年12月制定的最高人民检察署试行组织条例规定的垂直管理，到1951年9月通过的地方各级人民检察署组织通则规定的双重管理，到1954年
人民检察院组织法重新规定的垂直管理，再到现行
人民检察院组织法规定的双重领导，中间经历了一个复杂的否定之否定再否定的过程。法律规定的变化无常本身无疑正表明着国家在对这一问题的认识上存在着激烈的争议和摇摆。时至今日，随着人们对司法性质和特色的进一步认识以及对对法治的深入探讨和理解，我们理应果断地在分级管理和垂直管理中作出应然的选择——分级管理实不能适应司法改革发展的需要，更与司法规律格格不入，而垂直管理如得到建立，将大大加速司法改革的进程，进而更好地促进十五大所提出的司法改革目标的实现。
