该书的第二编“制度”则主要是考虑正义原则的应用。罗尔斯通过描述一种满足两个正义原则的社会基本结构和考察两个正义原则所带来的义务和职责来展示和验证两个正义原则的内容。第二编有三章：其中第四章“平等的自由”讨论第一个正义原则，因而主要涉及的是政治学和法学的问题。它所假设的主要背景制度是一种立宪民主制。在这一章中，罗尔斯首先确立了将两个正义原则应用于制度的一种四个阶段的序列，即：（1）在原初状态中选择正义原则，（2）制定
宪法，（3）制订法律，（4）规范的应用，并认为这一过程是一个逐步排除无知之幕的过程。然后他规定了自由的概念，进而按照上述的过程探讨了平等自由的三个问题：良心的平等自由和宽容、
宪法的正义和参政自由、与法治相联系的个人自由。而所有这些，可以说都是为了阐明自由的优先性，即第一个正义原则对第二个正义原则的优先，平等自由对社会经济利益的优先（第一个优先规则）。在这一章的最后一节，罗尔斯给出了一种对于“公平的正义”理论的康德式解释，认为原初状态和正义原则可被看成是对康德的自律和绝对命令的一种程序性说明。
第五章“分配的份额”讨论第二个正义原则，因而主要涉及的是经济学问题。在这一章中，罗尔斯试图描述在一现代国家的背景下满足第二个正义原则要求的制度安排。他首先解释政治经济方面的正义概念，或者说作为一种政治的经济理论的正义原则，认为一方面社会经济制度塑造人、决定人，另一方面对制度的选择又涉及到人类善的观念，涉及到人的理想，“作为公平的正义”恰为社会经济的安排提供了一个阿基米德式支点。然后，他进一步评论经济体系，特别谈到自由市场与私有制并无必然联系，它与社会主义也是相容的，声言私有制和公有制对两个正义原则都是开放的，都能够满足它们。罗尔斯还具体地假设了分配正义的背景制度，假设政府在这方面按功能分为四个部门，即配给、稳定、转让和分配部门，至于交换部门则与正义原则无关。之后，罗尔斯转到代际正义和储存（saving）的困难问题，即每一代要为后面的世代储存多少。他反对对时间的偏爱，即反对为了未来而牺牲现在，或者只顾现在而不管未来；他强调代际之间的公平，为储存率提出了一个上限，反对功利主义可能要求的过高的积累率，并在这个问题上进一步论证正义对利益和效率的优先（第二个优先规则），强调不能以后代的更大福利为借口而损害现在这一代的公平份额。然后，罗尔斯试图说明，他对分配份额的阐述能够解释正义的常识性准则的从属地位，认为这些准则不能提高到第一原则水平，例如工资政策方面的“按贡献分配”和“按努力分配”这两个准则之间就有矛盾。罗尔斯还区分了合法期望与道德应得（moral desert），反对一切利益均应按道德价值来分配的常识性观点。在本章的最后两节中，罗尔斯还把他的正义观与混合观念及至善论原则进行了比较。
