检察机关尽管在现行宪政体制下行使着司法权，但这种司法权的行使却是有着根本缺陷的。这是因为，检察机关同时将法律监督与刑事追诉这两种相互对立的权力集中于一身，无法保持公正的法律监督所必需的中立性和超然性。作为法律监督机关，检察机关的确在对公安机关、法院、执行机构的诉讼活动进行着一定的“司法控制”。但是，检察机关对一部分案件所拥有的侦查权，使得它与公安机关所行使的权力具有一定的相似性。可以说，作为侦查权的行使者，检察机关与公安机关都具有行政机构的性质，而难以算得上司法机构。当然，检察机关对公安机关负责侦查的公诉案件，还拥有审查起诉、提起公诉和支持公诉等一系列的权力。这些权力的行使似乎意味着检察机关拥有对公安机关进行监控的资格。但实际上，根据刑事追诉活动的基本规律，侦查活动的成功与否，最终要靠法庭审判过程中能否获得“胜诉”——也就是被告人被判有罪的结局来加以判断。从这一意义上说，审查起诉、提起公诉和支持公诉等活动，不过是侦查活动的逻辑延续和法庭审判的必要准备罢了。从侦查一直到审查起诉、提起公诉、支持公诉，甚至提起抗诉，公安机关与检察机关都在动态的意义上追求着“胜诉”的结局，这些活动有着内在一致的目标，也有着相互补充、相互保障的作用，构成宏观意义上的刑事侦控或者刑事追诉活动的具体环节和组成部分。可见，法律监督者的角色要求检察机关尽可能保持中立、超然和公正；而刑事侦控者的诉讼角色，却要求检察机关尽可能地保持积极、主动和介入，尽量获得使被告人被判有罪，从而实现惩治犯罪、维护社会秩序等国家利益。显然，这两个诉讼角色是直接矛盾和对立的。按照马克思的说法，在刑事诉讼中，法官、检察官和辩护人的角色集中到一个人的身上，这是和心理学的全部规律相矛盾的。从逻辑上看，从事着相互矛盾的诉讼职能的检察机关要么会偏重法律监督而忽视追诉犯罪，要么倾向于侦控犯罪而疏于法律监督，而不可能对两者加以兼顾。但实际上，面对当前社会治安状况面临危险，官员腐败案件频频发生的现实，检察机关所承担的打击犯罪，尤其是职务犯罪的重大责任得到了更大的重视，法律监督责任一方面必然受到忽略，另一方面也只能倒向刑事侦控一方，甚至完全依附于刑事侦控智能，而不再具有最起码的独立性。
从检察活动的实际社会效果来看，检察机关基本上将自身定位于与犯罪作斗争的刑事追诉机构。尽管
刑事诉讼法明确要求检察机关既要收集不利于被告人的证据和事实，也要收集有利于被告人的证据和事实，在制作起诉书时要“尊重事实真相”，但是，刑事追诉的基本实践表明，检察机关更加重视不利于被告人甚至可以导致被告人被判重刑的证据和事实，而对于有利于被告人的证据，检察机关不是隐而不提，就是故意阻止其出现在法庭上。典型的例证是，长期以来一直较为严重的超期羁押现象，不仅在公安机关存在，而且更出现在检察机关自行侦查的案件之中；屡禁不止的刑讯逼供现象，不仅得不到检察机关的有效制止，而且得到了检察机关的纵容，甚至在其自行侦查的案件中，刑讯逼供也时有发生；检察机关认为案件在认定事实或者适用法律方面“确有错误”的，可以提起二审抗诉或者再审抗诉，而且这些抗诉基本上都是不利于被告人的，那种旨在追求使被告人受到无罪或者罪轻结局的抗诉，目前还存在于书本上，而不是现实之中。
