因此，从实现实体正义的角度来看，法院对起诉罪名所作的主动变更，可能是“正确”的，也很可能会发生“错误”，至少并不必然有助于达到更加公正的裁判结论。法院以此为理由对其变更起诉罪名的做法进行辩解，并不能使人心服口服。换句话说，从是否有助于实现实体正义的角度来看，法院变更起诉罪名有无正当性和合理性，至少在相当多的情况下是说不清的。或许，“真理”究竟是掌握在法官还是检察官手里，有时是根本无法鉴别的。
然而，如果从程序正义的角度进行评价的话，那么，法院主动变更起诉罪名的非正当性又是可以说得清的。作为一种“看得见”的正义，程序正义有着相对明确、具体的构成要素和评价标准。按照程序正义的要求，在任何一种旨在形成权威的法律决定的裁判过程中，所有与案件的结局有着直接利害关系，或者其利益会受到裁判结论直接影响的人，都应当充分而有效地参与到裁判的制作过程中来，并能够对裁判结论的形成施加积极的影响。表面看来，法院的裁判结论属于其单方面所作的解决纠纷的方案，但实际上，这一裁判不应是法院自行、随意制作的法律结论，而应直接体现控辩双方的参与过程，体现法庭审理的实际状况。换言之，法院的裁判结论应当形成于法庭审理的过程之中，并以控辩双方当庭提出并经过法庭审查过的证据、意见和辩论为基础。
法院主动变更起诉罪名的实践恰恰违背了上述程序正义的基本要求。根据前面的分析，这种变更起诉的情况通常发生在法庭审理结束之后的评议阶段。也就是说，法院对起诉罪名的变更既没有征得公诉人的同意（甚至经常遭到公诉机关的反对），也没有及时告知被告人和辩护人，更没有将这种变更问题列为法庭调查和法庭辩论的对象，而是在控辩双方皆不知晓的情况下，以单方面和秘密的方式加以进行和完成的。可以说，法院对被告人行为所作的新的法律评价以及所认定的新的罪名，都没有建立在控辩双方当庭调查和辩论的基础上，都没有体现控辩双方的参与过程，也都没有形成于法庭审理过程之中，而是产生于法庭审理程序之外。这种做法违背程序的“自治性”原理，使得与案件结局有着直接利害关系的控辩双方的参与丧失了实际的意义，因而完全流于形式。
法院主动变更起诉罪名的做法还严重剥夺了被告人的辩护机会。这是因为，在检察机关提起公诉之后，法院通常会将起诉书副本送达给被告人及其辩护人。被告人及其辩护人在阅读起诉书内容、了解控诉方主张的基础上，进行充分的防御准备。一般说来，辩护方防御准备活动始终是围绕起诉书指控的罪名来进行的；而法庭审理中的防御活动，则更是以推翻或者削弱起诉书指控的罪名为目标而进行的。考虑到任何一项指控的罪名都有其独立的、固有的犯罪构成要件，因此，辩护方要推翻或者削弱起诉书指控的罪名，就必然会围绕着该罪名的主体、主观方面、行为、行为与结果之间的因果关系等构成要件，来进行反驳和辩护。但是，法院在评议阶段一旦将起诉书指控的罪名弃置不顾，而自行判决被告人的行为构成其他新的罪名，这就意味着被告人及其辩护人原来就起诉书指控的罪名所作的防御活动全都失去了实际的意义，并无法对裁判者产生任何有效的、积极的影响。而更加不幸的是，法院在自行变更或追加新的罪名时，并没有给予被告人及其辩护人以任何准备防御的时间，也没有听取辩护方就此罪名的构成要件所作的任何反驳和辩解。这样，法院在没有给予辩护方对新罪名的成立以任何防御机会的情况下，就强加给被告人一项新的未经起诉、也未经辩护的罪名。这种对起诉罪名的单方面变更，事实上剥夺了被告人的辩护权，并使得原来针对起诉书指控的罪名所作的辩护活动全部丧失了存在的意义和效果。
法院对起诉罪名的单方面变更，还破坏了裁判者本应具备的中立性和超然性。无论这种变更所导致的新罪名的认定本身“正确与否”，由于变更既没有取得检察机关的同意，更不是在检察机关主动提出相关要求的情况下进行变更的，因此，这种新罪名都属于未经检察机关起诉而认定的罪名。既然检察机关原来指控的罪名并不成立，既然检察机关并不同意对被告人判处新的罪名，那么，新罪名的判定岂不就成为法院自行强加给被告人的罪名了吗？而法院未经起诉而自行对被告人科处新的罪名，这不也就意味着自我控诉和自我裁判了吗？显然，在法院主动变更起诉罪名的背后，存在着法院超越司法裁判权，代行刑事追诉之权的事实。无论如何，这种做法都违背了控审分离、不告不理等基本的诉讼原则，使得法院在裁判活动中的中立性、超然性不复存在，法院在其裁判中不可避免地添加了自己独立的主张和请求。
德国学者拉德布鲁赫曾对控诉与裁判的关系说过一句经典性的警语：如果法官本身就是控告者，那么，只有上帝才能充当辩护人。在法院主动变更起诉这一做法的背后，必然存在着法院诉讼角色的异化，也就是从消极的裁判者演变为积极的调查官和充满先入之见的追诉者。而法官一旦在诉讼中趋于追诉化，那么，被告人及其辩护人的防御权就必然会受到大幅度地削弱甚至丧失。因为，没有作为中立第三方的裁判者，任何审判活动的“诉讼”特征都将不复存在，其行政治罪甚至军事镇压倾向就会随之而抬头，而在这时法律意义上的辩护活动将失去存在的空间。
可以肯定的是，法院在判决中对起诉罪名的改变，几乎都达到了防止被告人逃脱法网的效果。毕竟，在发现检察机关指控的罪名不能成立的情况下，法院不是直接宣告被告人无罪，而是按照
刑法分则规定的另一犯罪构成要件来加以定罪，这可以确保“有罪者”受到“恰如其分”的定罪、科刑。但问题的关键在于：这样做的代价是否太大、也太不值得了。至少，法院主动变更罪名的做法往往都受到控辩双方的同时反对，而这种控辩双方在同一问题上提出完全一致意见的情况，在中国司法实践中还是极为罕见的。法院的判决既不受起诉书指控范围的限制，也剥夺了被告人的辩护权，否定了被告方参与裁判过程的实际意义，还在未经法庭调查和辩论的情况下，擅自对被告人的行为作出了法律评价，以至于丧失了最基本的中立性和利益无涉性。这种为做到“有罪必罚”而违背程序正义的做法，确实是得不偿失的。
