对于司法权，汉密尔顿十分赞同孟德斯鸠关于司法权是“三权”中最弱的说法。他认为，行政部门具有荣誉、地位的分配权，执掌社会的武力；立法机关掌握财权，制定法律;而司法部门既无军权，也无财权，不能支配社会的力量和财富，不能采取任何主动的行动。由于司法部门的这种软弱，必然会招致其他各方的侵犯和威胁。所以汉密尔顿认为司法应当独立，实行法官终身制。法官的薪俸由法律规定，保证法官任职的固定。在他看来，合众国任命的一切法官只要行为正当即应继续任职，而且，以行为正当作为法官任职条件无疑是现代政府最可宝贵的革新。司法权分立的另一个表现就是法院有解释法律、宣布国会制定的法律是否违宪的“违宪审查权。”汉密尔顿指出，法律的执行是通过法院来实现的，所以法院成为人民与立法机关之间的中间机构，以监督后者限于其权力范围内行事，解释法律为法院正当与特有的职责。汉密尔顿认为，法官的独立是保卫社会不受偶发的不良倾向影响的重要因素，并不仅是从其可能对
宪法的侵犯方面来考虑。有时这种不良倾向的危害仅涉及某一不公正或带偏见的法案对个别阶层人民权利的伤害。在这种情况下，法官的坚定不阿在消除与限制不良法案的危害方面也有极为重要的作用。它不仅可以减少已经通过的此类法案的危害，并可牵制立法机关的通过。
汉密尔顿等联邦党人的分权制衡理论直接渊源于洛克和孟德斯鸠的分权学说，他们和洛克、孟德斯鸠同样看到了政治自由必须靠分权来保证、必须建立权力的监督与制约机制这一重大问题。古罗马波利比阿的制衡理论也给予他了深刻影响。正如美国学者威廉.依宾斯坦所说的，波利比阿的制衡论在美国宪法的制定过程充当着智者的角色。汉密尔顿对孟德鸠及以往分权学说作出了解释，发挥和补充，他所说的分权并非是三种权力的绝对隔离，为了达到权力的制约与平衡，恰恰需要权力的局部混合就是对孟德斯鸠分权学说的发展。他的分权与制衡理论更加周密、精致、实用，更富实践性。孟德斯鸠的三权分立学说经过他的努力，应用于美国的制宪实践，化之为现实的政治蓝图，并对后世大部分欧美国家宪法制度的建立产生了深刻而广泛的影响，世界上许多国家仿照美国模式建立了分权与制衡的体制。汉密尔顿分权与制衡理论中最核心的思想就是以权力制约权力，制约中存在着反制约，监督中存在着反监督，制约与监督都是双向的。可以说，西方渊源较久的分权与制衡理论，经洛克的大力鼓吹和孟德斯鸠的补充与完善，直到汉密尔顿才真正地建立起最典型的分权政治。某种意义上说，是汉密尔顿以他的天才和丰富的国务活动的经验及其对国家民族的责任感，在美国具体的制度安排中，最后完成这种三权分立的理论的。
