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这种差异也是东西方学者在提出自由、民主、科学这些现代社会的观念时须予以批判旧思想的依据及批判方法，目的等不同的渊源。这从洛克《政府论》上卷中可以窥见。此卷中，洛克针锋相对，对菲尔麦的论据一一作了驳斥，其论点主要如下：亚当并非由于神的赐予而享有主权，从《圣经》教义原文中并不能得出亚当当然拥有父权，而由父权而至君权更是荒谬之误，故亚当并无对其子女及边界的统辖权，即使其享有这种权利，其子嗣也无这种权利，因无法确定合适的继承人，因无自然法和上帝的明文法的明确规定，这些从《创世纪》中关于上帝创造万物的原话中可以推断。进而，洛克提出了自己关于人类自然状态的假设。与菲尔麦相同，洛克所依据的也是《圣经》教义，只不过其是相反的理解。比如对《创世纪》第一章第二十节的理解：“上帝就赐福给他们，又对他们说安生育众多，遍满地面，治理大地，也要管理海里的鱼，空中的鸟和各种各样地上走动的生物。”菲尔麦对此的理解是：基于此，亚当取得对一切非理性的生物及理性的人类后类的统治权，其成为世界的君主。而洛克则有不同的解释，认为：从这句话中并不能得出亚当是全世界的君主这一结论，这可综合考察《圣经》中的原话，即“上帝在第五日创造了鱼和鸟，在第六天的开头，上帝创造了没有理性的生物，所以上帝给予他们的只是对如鱼、鸟、兽等非理性动物的统治权，并不包括理性的人类；而且，原文中指出上帝是将万物赐予“他们”，他们必不是单指亚当一人，自然也包括夏娃，由此亚当是世界之主的结论更难以成立。
洛克的论证是直接从《圣经》原文入手，通过分析原始资料得出结论，即从宗教涵义中找自己理论的根源。但由此产生一问题：将理性的逻辑的思维方法用于宗教涵义的分析是否可得出理性的结论？因宗教本身便非人类理性的产物，以现代学者的眼光看这个问题，便不成其为问题，因宗教信仰与世俗的生活规范难以融合，即宗教与政治规划是分开的，前者解决人类内心深处的问题，后者解决人类外部的行为活动。但在当时的英国社会，特定的历史条件决定了从基督教涵义中引申出来学说结论是最具说服力的，但是要注意，包括洛克、霍布斯等人的理论只是为刚刚结束的英国资产阶级革命提供合理性的理论基础，其理论的提出及论证是在革命已发生之后，而并非革命之前，即洛克等人的理论并未对英国革命产生思想上的推动力，也就是说，英国革命的并非理性的产物，而是存在于英国民众头脑中根深蒂固，经验招学使然，这从英国革命胜利后通过的一系列资产阶级与贵族互相要协而达成的协议中以及英国当今仍无一部成文法可以得到证实。所以洛克在《政府论》中的这一番论述并非真正为理性主义的运用，只是单纯借用逻辑的语义学的分析方法分析菲尔麦引用过的用以证实其君权神授学说的涵义条文，目的是从涵义到涵义，推测菲尔麦的结论，而这个过程自然引出了在下卷中提出的自然状态的理论。可以说，洛克的作为其政府论基石的自然状态从实质上说是理性主义的体现，虽然其在下卷第二章中多次引用神学家胡克尔的宗教理论来支持自己的观点，但就这一“自然状态说“理论本身而言，理性成分居多。如果我们细究其理论的提出便可发现，这完全是洛克为提出其政府理论而做的逻辑假设，无法用《圣经》涵义及现实生活予以证实，而且也不需证实，因这是作者的理性创见。
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