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二日市的市民A于1952年依温泉法从福冈县知事处申请到了许可证后经营温泉旅馆。但距离A经营的旅馆不足20米远，已经在经营温泉井的市民X等人认为新的温泉挖掘对其拥有的温泉的涌出量、温度、成分显然有不利影响。因此X等人就此提起诉讼，主张知事发给A许可证的行为显著地侵害了X等人的温泉利用权，是违法的，要求法院撤销该项许可。在该案的第一、二审中，X等人的主张均未获法院支持的情况下，X等人向最高法院提出上诉。在终审判决中，最高法院对此认为**最高裁判所民事判例集12卷11号1612页、判例时报157卷14页。本案在日本最高法院的上诉审中X等人被判决败诉。**：
“温泉法中规定温泉挖掘须获知事许可，其目的明白无误地建立在保护温泉泉源、合理地使用温泉的公益基础之上，而非直接保护既存的温泉井所有者的既得利益。该法第4条规定‘都道府县知事除认为对温泉的涌出量、温度或成分有影响，以及其他有可能发生危害公益的情况之外，应给予前条第1款中规定的许可’。涌出量减少、温度降低或成分有变化，都应理解为是‘有可能发生危害公益的情况’的例示。所谓‘有可能发生危害公益的情况’应被理解为从保护和合理使用温泉源的目的出发具有特别必要的事项，即应该理解为该条内容要求除被认为特别必要的事项之外，不得拒绝许可。因此，该条规定不应该被理解为：在物理意义方面即使对既存的温泉井有稍许的影响时也绝对不得给予许可。并且从保护和合理使用温泉源的目的出发判断对是否给予许可所进行的判断，其性质应该属于主要以专业技术性判断为基础的行政机关的裁量决定。法院只限于在行政机关的上述判断超越被委任的裁量权限范围时才能够认定该判断违法。”
在这一判例中，日本最高法院指出了日本行政许可最基本的制度特征：公益判断和原则许可制。
1. 公益判断
在近、现代国家中，行政被定义为公共事务的处理活动，因此行政必须将公共性贯彻其中，即必须以实现公益为目的***参见〔日〕长滨政寿：《现代行政中的“公共性”问题》，收于《现代国家与行政》，有信堂1973年，第17页。**。在上述判例中，日本国最高法院始终强调了行政许可的制度性目的建立于公益基础之上，因此，无论是决定是否给予申请者许可，还是认定是否应考虑由此所涉及的相关私益时，行政均应从公益的角度进行判断。同时，该判例依照公益判断的要求，还为行政机关在许可决定过程中所涉及到的有关问题提供了判断基准。如对判断是否给予许可的法律根据进行解释时，其解释也只能以公益为基础分析法律规定内容的逻辑结构。在申请人符合法定要件时，行政机关便负有给予申请人许可，即解除其所负的被禁止作为的义务。
由于许可申请人所受到的一般性禁止是基于公益的需要而设定的，因此解除该禁止的许可行为并不产生权利，被许可者即使因许可获得利益，也不因此拥有排除第三者利益的效力，即不拥有为了维持该利益而请求不得向第三者发放、或撤销已经发放的同样许可的权利。在最高法院的该判例中，其内容也充分说明了这一点。但是，由于获得许可者是通过许可恢复了作为国民本来所拥有的自由，因此该自由权受到法律的保障。
2.原则许可制
从权利义务关系上而言，由于许可行为只是产生解除被禁止义务的法律效果，即恢复原本具有的自由，因此，对作出是否给予许可决定的行政机关而言，不可以自由裁量决定不给予许可，只要申请事项中不存在法定的欠格事项以及其他的不应给予许可的事项，行政机关原则上应给予许可。因此，日本的行政许可制度是以给予许可为基本原则，以不许可为例外构的。
但是，这种建立在近代法的基本原理之上的法律原则面对现代社会的种种发展和相应的问题时，也允许出现与此相反的例外存在，即在一定的行政领域可以以要件裁量的方式判断是否给予许可。例如在自然环境保护与开发许可***例如，《自然公园法》第17条第3款针对自然环境与开发许可的关系规定，在特别区域内从事新建、改建或增建建筑物、采伐竹木、采掘矿物或采取土石等等行为时，该特别区域属于国立公园的，必须得到环境厅长官的许可，属于国定公园的，必须得到都道府县知事的许可；第18条第3款规定，在特别保护区域内从事损伤竹木、栽植竹木、放养家畜等等行为时，该特别保护区域属于国立公园的，必须得到环境厅长官的许可，属于国定公园的，必须得到都道府县知事的许可。**的有关规定之中，为了保护景观，开发在一定的区域受到禁止，只有在具备特别的情况时该区域的开发禁止才可被解除，开发才能获得允许。而是否符合法定的特别情况，即是否给与许可的认定，判例认为行政机关可以基于自身的裁量进行判断***静冈地方法院1977年11月29日判决，讼务月报23卷11号1948页。参见〔日〕原田尚彦：《行政法要论全订第二版》，学阳书房1991年，第143页。**。
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