另一方面，为了维持香港的繁荣稳定，必须同样以法律形式确认“两制”，确保港人治港，享有高度自治权。基本法已经在总则中明确规定香港原有的资本主义制度和生活方式不变，法律基本不变，接着在第二章具体规定了属于香港特区的高度自治权；：（1）广泛的行政管理 。除少数几项属于中央管理的事务外，未来香港可自行片理其他所有行政事务。（2）立法权。香港特区立法机关可依基本法自行制定、修改或者废除地区法律，只需向全国人大常委会备案。（3）独立的司法权和终审权。香港特区法院独立进行审判，包括不受内地法院的干预和管辖，甚至还只无前例的以一地方法院而被授予终审权。对于台湾，将来它的自治权更大，可保留军队。
（三）中央和辊行政区权限中有联系、容易引起争议的问题
在基本法规定的属于中央的职权中，往往有一些同特别行政区的高度自治密切相关问题。这些问题涉及到两种不同的法律制度间的复杂关系，容易引起争议。处理不当势必影响中央和特区的关系。香港基本法的起草过程为解决这类问题提供了成功的范例，创造性地体现了原则性和灵活性相结合的原则：对涉及国家统一、主权和领土完整的问题，坚持归中央管理；同时，在一国的前提下，注意维护香港的高度自治，允许香港特区的某些作法可以同
宪法或全国性法律的规定不一致，以有效地实施“一国两制”。应该说，上述处理模式，不但对香港本身，而且对日后处理澳门、台湾的类似问题，也是很好的启示。
1、香港立汉会制定的与基本法不符合的法律的处理问题
按照我国宪法，各省、自治区、直辖市制定的地方性法规，倘与
宪法、法律、行政法规相抵触，全国人大常委会有权认撤销。但是香港基本法却规定，如果香港特区立法会制定的法律与基本法不符，全国人大常委会只是将该法律发回，不作修改。这一作法一方面保留、肯定了全国人大常委会对香港立法的审查权，支的实施；另一方面又将审查范围仅限于香港法律中不符合基本法关于中央管理的事务及中央与特区关系的条款的那部分。全国人大常委会在将香港有关法律发回前，还要征询其下属的香港特区基本法委员会的意见，以求慎重。这样的规定，为将来可能出现的法律争议提供了合理、妥善的解决之道。
2、全国性法律适用于香港特区的问题
全国性法律理应在中国领土范围内普遍适用，但在实施“一国两制”的香港，只适用涉及国家统一和主权的少数必要的法律，这在基本法的附件三已经具体列明。全国性法律绝大部分不适用于香港。不过，考虑到未来形势的变化和需要，中央有权对附件三所列法律作出增减。无疑，这是国家统一和主权的必要体现。另一方面，为了不致因此损及“两制”的实施，引起港人的忧虑，基本法又对增减法律的内容与程序作出了严格限制，表现出非常节制和谨慎。此外，在特定情况下，即国家宣布战争状态或香港进入紧急状态时，出于维护国家安全与统一的需要，中央有权发布命令，将有关的全国性法律在香港实施。
3、香港特区法院管辖权的问题
香港特区法院对各类案件享有管辖权，但国防、外交等国家行为不在其管辖权之列。基本法的这一规定，同香港现行的普通法原则是一致的。不过，关于何者为国家行为，涉及到一个事实的认定问题，容易引起争议。国防、外交等国家行为事关国家的安全与主权，对国家行为的事实认定权在中央而不在地方法院，只能由中央政府作出最终的确认。所以香港特区法院在审理涉及国家行为的案件时，必须事先取得行政长官就事实认定问题发出的有约束力的确认文件，而行政长官的确认文件必须以中央政府对该问题的证明书为依据才能作出。也就是说，中央政府对事实认定问题拥有最终的发言权。
