由于对恐怖主义行为的定义不能达成一致，基于罪刑法定原则和罪刑特定原则，很难说恐怖主义行为构成国际习惯法中的犯罪。不过，还是有一些学者认为，尽管定义不统一，国际习惯法已经禁止恐怖主义行为，并赋予各国有普遍管辖权起诉恐怖主义分子。[50]在一些条约中，存在对恐怖主义的定义，因此在这些条约的缔约国之间对恐怖主义的含义是明确的，这些条约也赋予缔约国对条约中的恐怖主义行为行使管辖权。但是事实上，到目前为止，专门针对恐怖主义的国际条约不超过19个。假如基于这些条约进行起诉的话，就会产生许多复杂的问题，例如如何将这些条约适用于个人？在那些已经将这些条约并入国内法的国家，如果在这些国家领土内实施恐怖主义行为，就不会遇到上述问题。美国已经制定了这种法律，例如1990年的《反恐怖主义法案》，因此美国可以找到起诉恐怖主义犯罪的国内法依据。
值得注意的是，由于对恐怖主义定义的不统一，《国际刑事法院规约》已经排除了对恐怖主义行为的管辖权。当然，如果有关的行为同时构成该规约中的反人类罪或者其他罪行的话，就可以对这种行为进行惩罚。
除了上述罪行之外，9月11日袭击美国的事件还可以构成其他的罪行，特别是劫机罪。特别重要的是，国际社会现在已经拥有了大量的涉及劫机的条约，[51]一些条约规定缔约国有义务对特定情形下的犯罪嫌疑人行使管辖权。[52]如同恐怖主义公约一样，一些有关劫机的条约已经被并入美国的国内法，美国在过去基于这些条约已经被并入美国国内法而审判了大量的劫机案件。[53]
最后，值得一提的是，无论谋杀行为是否是反人类罪的一个组成部分，它在绝大多数国内法中都是一种犯罪，包括美国。虽然以美国国内法中的谋杀罪为由起诉9月11日袭击美国的肇事者不能很好反映这一事件的严重性，但是仍然不失为是一种最后的选择。
如果9月11日袭击美国的事件构成国际法中的犯罪，那么肇事者将直接和间接地承担责任。根据国际
刑法，那些实施命令、策划、调查、协助、教唆等行为的肇事者将承担直接的刑事责任。承担直接责任的肇事者不仅是那些劫持飞机后来自杀的人员，还包括用各种方式在整个犯罪网络中进行各种协助行为的人员。虽然各国的国内法对
刑法的原则和所使用的术语不尽相同，它们一般都倾向于将产生刑事责任的各种形式的参与人员都包括在内。[54]
必须十分注意的是，在9月11日袭击美国的事件中那些“袭击背后”担任高层职务的人员，包括那些最高职务的人员。在这个方面，还应当注意的是，根据有关的法律，那些人员不仅应当对他们所实施的行为，例如命令或者为实施犯罪进行事先调查的行为承担责任，而且还应当在特定情况下根据上级责任原则(superior responsibility)，对他们未能进行的行为负责。如果一位军事将领或者民事高官知道或者应当知道他或者她的下属可能实施犯罪行为，而没有采取必要和合理的措施阻止的话，该军事将领或者民事高官也可能承担责任。[55]这种责任的形式不仅适用于那些具有法定权威的人员，也适用于根据非正式的结构处于上级的人员，例如准军事的头目。如同前南刑庭和卢旺达国际法庭的实践那样，这是一种非常重要的责任基础。[56]
（二）对“九一一事件”犯罪嫌疑人的国内和国际管辖
国际法承认特定国家行使刑事管辖权的权利，这些特定国家基本上是犯罪发生地国家、犯罪嫌疑人国籍所属的国家、犯罪被害人国籍所属的国家和在一些特别严重的国际犯罪的情况下，所有国家的普遍性管辖。
根据这些原则，美国的法院自然是可以起诉的法院，因为美国是犯罪发生地国家。同时，其他有本国公民死亡的国家，特别是在袭击世界贸易中心的事件中，也可以根据国际法赋予的被害人国籍国管辖的原则行使管辖权。而且，如果9月11日袭击事件构成国际法中可以行使普遍管辖权的罪行的话，则任何国家都可以行使管辖权。[57]国际习惯法早已允许任何国家对谋杀、反人类罪和战争罪行使管辖权。[58]另外，一些相应的国际条约也规定对这些罪行[59]和其他罪行[60]可以行使普遍性管辖。其他条约，例如那些与劫机和恐怖主义有关的条约，没有规定普遍管辖权，但是却允许领土国以外的其他国家拥有其他类型的管辖权，例如被害人国籍所属的国家。[61]为了保证行使普遍性管辖权，越来越多的国家开始颁布有关普遍管辖的国内法。[62]国内法院也越来越多地依据国际法对一些特定的罪行行使普遍管辖权，例如反人类罪和种族灭绝罪。[63]而且，尚未有此类国内法的国家现在甚至能够专门颁布赋予普遍管辖的国内法以便起诉9月11日袭击事件中的肇事者。[64]罪刑法定原则和
刑法不溯及既往原则只是要求行为在实施时必须是
刑法已经明文禁止的，并不要求在那时已经具有管辖权。[65]
在实践中，普遍管辖得到重要应用的只有在皮诺切特案[66]中，但是表明普遍管辖正在逐渐成为一项真实的国际管辖的途径，特别是当犯罪行为地国不能或者不愿意行使管辖权的情况下。
然而，如果国内法院不愿意或者不能够承担起对国际犯罪的调查和起诉的话，近来的国际实践表明可以用一些替代的国际模式来进行。应当注意的是，国际刑事法院并不是其中的一种模式，因为《国际刑事法院规约》尚未生效，并且无论如何，该法院的规约不具有溯及既往的效力。不过，从以下的分析来看，在本案中同样可以找到替代的模式。
联合国安理会根据《联合国宪章》第七章的规定拥有采取国际和平和安全的措施的广泛权力。1994年，安理会根据自己的宪章权力建立了卢旺达和前南斯拉夫两个临时国际刑事法庭。因此，安理会根据现在的形势授权成立新的类似刑庭或者扩大现存刑庭的管辖权的可能性还是存在的，事实上安理会已经表达了这方面的意愿。[67]
相应的国际实践也导致了几个具有准国际司法性质的混合模式的机构。最近，通过联合国与塞拉里昂政府的协商达成一个协议，联合国制定了《塞拉里昂特别法庭规约》，该规约兼具国内法和国际法程序和相关的国际和国内的人员。[68]纽伦堡法庭的模式表明，一些国家可以通过协议建立一个国际法庭，赋予该法庭“其中任何一个国家单独可以行使的权力”，也就是基于上述提到的任何一个管辖权进行起诉的权力。[69]
