作为定案依据的鉴定结论和专家咨询意见都认定案件事实的基础。作为查清案件事实的诉讼证据，依据
民事诉讼法第
66条的规定：“证据应当在法庭上出示，并由当事人互相质证。对涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的证据应当保密，需要在法庭出示的，不得在公开开庭时出示。”因此，作为定案依据的证据，是否符合
民事诉讼法关于证据真实性、合法性和关联性的规定，就必须在庭审过程中，通过对鉴定结论的交换、专家咨询意见的出示，允许双方当事人对鉴定结果和咨询意见提出疑议和相关的证明材料，并可要求鉴定单位或提供咨询意见的专家对其疑议作出合理的解释。对通过听证、质证后，当事人所提证据能够证明鉴定结论、咨询意见确实存在不真实、不客观、不公正的情况的，法院不能把这样的鉴定结论和咨询意见作为证据进行认定，应当另行委托鉴定单位鉴定或向其他专家进行咨询。除涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的证据外，所有的证据都应当向双方当事人进行交换、出示后，通过法庭质证、听证后，才能作为案件的证据进行认证。
这方面典型的案例就是发生在福州的陈氏兄弟IP电话案。需要注意的是，专家咨询团只能就案件事实问题发表意见，而法律使用问题无论多么疑难，也只能由法官独立做出判定，这是法官的当然之责。就如同英美法系的陪审团制度，普通民众组成陪审团认定事实，法官则对陪审团予以法律指导并就法律问题做出决定。
第四，电子证据的证据效力还可以通过登记来获取。《
计算机软件保护条例》第
24条规定：“向软件登记管理机构办理软件著作权的登记，是根据本条例提出软件权利纠纷行政处理或者诉讼的前提。”中美知识产权谈判后，最高人民法院通过司法解释，确认中国人（自然人、法人或其他组织）因计算机程序侵权申请行政处理或提起诉讼时亦不受软件保护条例第24条规定的限制。虽然作品著作权的取得不是以其创作的作品是否经过有关部门的登记作为前提，但应当认识到我国《
计算机软件保护条例》确定计算机程序登记制度是考虑到计算机程序作品的发表和使用同其他文学作品的发表和使用中发生纠纷相比，计算机程序侵权纠纷发生后，权利人很难证明其计算机程序受到了不法行为侵害的证据。既便诉讼至法院，法院在认定是否侵权时，亦存在很多困难。
