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5、 保密的原则
在《谅解》第3条总则中，虽然未规定保密的原则，但在争端解决各阶段中都有关于保密的规定。协商是保密的；含有斡旋、调解与调停的诉讼，尤其争端当事人在该诉讼中所持见解，都要保密；专家组审案保密；上诉审理也应予保密。协商斡旋等阶段保密性的要求可能是基于国家机密国家安全的考虑，而在DSB阶段的保密，则除了同样的安全性考虑外，在专家组和上诉机构写报告时还可以防止当事方的干扰以便报告能够公正如实地反映事实和专家的真实想法。保密原则对于像涉及未公开信息、高科技等知识产权的案件尤为重要，因为这类客体一旦在争端解决过程中泄漏，即使最终争端圆满解决，未公开信息得到保护，但又有什么意义呢。
6、 尊重争端解决机制的排他性的原则
《谅解》第23条第1款中规定，各成员方在寻求纠正违反涵盖协议规定的义务或抵消或损伤规定的利益时，或阻碍涵盖协议任何目标的实现时，他们应求助于并遵守本谅解的规则与程序。WTO争端解决机制是WTO体系内处理贸易争议的排他争议解决制度，将这一规定列为原则之一，主要是为了排斥《谅解》以前的单边报复性贸易措施。例如美国的301系列条款等单边报复性制裁措施曾经是各国知识产权事业绊脚石的条款，在有了《谅解》的争端解决机制及其排他性规则后，301条款的使用将会大大降低。②
7、 照顾发展中国家的原则
《谅解》为平衡发展中国家与发达国家之间的权利与义务，在很多方面如准备诉讼、执行裁决、交叉报复等，多要求照顾发展中国家的特殊情况。《谅解》第24条还专条规定，在认定涉及最不发达国家成员方的争端起因和解决争端程序的所有阶段，要对最不发达国家成员的特殊情况给予具体考虑。
8、 否定式共识通过的原则
与以前争端解决机制的肯定式共识相比，《谅解》规定了DSB在是否设立专家组、是否通过专家组和上诉机构的报告、是否授权中止减让等决策时，只要有一成员方（包括争端当事方）同意，或者无一致反对意见，则拟定的决定即被DSB通过。这基本上就是赋予了DSB议案的自动通过权。①
二、WTO争端解决机制的规则与程序
《谅解》是对GATT1947第22、23条进一步精确阐明和修改后的规则与程序。所谓进一步精确阐明，是对22和23两条及其在数十年的实践中形成的做法和习惯的阐明，所谓的修改则是对某些做法根据涵盖协议的要求进行适应性的变化，并对争端解决机制进行补充和创新。这一部分是《谅解》的核心，总结起来主要包括磋商阶段、DSB阶段、执行与补偿和交叉报复阶段。
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