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排污费的计算方法为：同一派污口排放两种以上污染物的，只按收费最高的一种计算；对排放大气污染物的，其收费额，有的按排放污染物的数量乘以收费单价计算，有的按照消耗的数量乘以收费单价计算；对于水污染物超标的废水，其收费额按照收费单价乘以污染物超标总量计算；固体废物的排污费，通常用收费单价乘以每月废物量来计算；对于排放环境噪声的，不需另行计费，但是如果一个单位边界上有多处环境噪声超标的，其收费额应根据最高一处超标声级收费，若有不同地点的作业场所，收费金额逐一计征，昼夜均超标的应分别计征，叠加征收。
④征收程序
首先有污染单位向环境保护行政主管部门申报登记排放污染物的种类、数量和浓度，竟环境保护部门或其指定的监测单位核定后作为收费依据。然后又环境保护行政主管部门按月或季向排污单位发出缴费通知书，排污单位应在受到缴费通知书起20日内向指定的银行缴付。对逾期不缴的，除增收滞纳金外，可处以罚款，亦可申请人民法院强制执行。
2.排污费的管理和使用
征收的排污费要纳入预算，作为环境保护补助的专项资金，由环境保护行政主管部门会同财政部门按照“专款专用，先收后用，量入为出，不得超支挪用”的原则统筹安排使用，具体用于三个方面：一是补助重点排污单位治理污染源；二是用与区域综合污染治理；三是用与补助环境保护部门监测仪器的购置，环境保护的宣传教育、技术培训等，但不得用于环境保护部门自身的行政经费和非业务性开支。
三.我国现行排污收费制度中存在的若干问题
1.排污费的征收标准问题。
目前我国排污费的征收标准普遍低于正常的污染处理费用，造成了排污者宁肯缴纳排污费也不愿意自行治理。
我国对空气污染实施的排污收费尤其体现了排污收费标准的不合理。当1982年我国第一次颁布国家空气质量标准时，就开始对空气污染实施排污收费。对二氧化硫收费是每公斤二氧化硫0.04 元人民币。这在当时来说，费用水平相当高，足以促使一些污染者改变行为。对总悬浮颗粒物收费为每吨煤3元，相当于煤价的8%(当时每吨煤36元)。随后，煤价上涨，但收费比率并未改变许多，以致排污者再也没有积极性去治理污染。1995年煤价每吨为220元，而对TSP征收3元，只相当于煤价的1.45%。如果我们比较一下排污收费和减少污染花费的成本，就可看出排污者不太可能去治理。
排污标准应考虑地区经济水平差距和行业排污性质调节征收标准。
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