从以上分析来看，将公证处划归行政机关似乎不应有异议，对公证处(行政机关)所做出的具体行政行为（公证行为）不服提起行政诉讼也理所当然，然而，随着我国社会主义经济体制改革的推进，公证机关的性质及法律地位也在发生改变，1993年党的十四届三中全会通过的《
关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》中明确规定要着重发展发展会计师、审计师和律师事务所，公证和仲裁机构等社会中介组织，这些中介组织要依法通过资格认定，依据市场规则，建立自律性运行机制，承担相应的法律和经济责任，并接受政府有关部门的管理和监督。这意味着国家对公证处的定位己开始发生转变，我国公证体制的改革也由此拉开了序幕，在改革过程中，一些地方仿效西方国家建立了公证人事务所。如北京市海淀区公证处己正式更名为“海淀公证人事务所”。在公证人事务所制下，公证机关与当事人之间是一种典型的民事法律关系，而不再是行政法律关系，公证机关（公证人）通过自己的知识和能力为当事人提供法律服务，当事人为此支付相应的报酬，公证机关与当事人之间达成的这种双向合意的行为实际上是一种社会契约行为，公证机关己不再具有国家机关的属性，公证机关与当事人是处于平等的民事主体地位，由此而产生的法律责任应属于平等的民事主体之间的权益之争，因此彼此间的争议自然应通过民事诉讼而非行政诉讼的途径解决。
我国目前尚未制定统一的《公证法》，公证体制的改革也仍处于摸索阶段，2000年7月31日国务院批准司法部2000年8月10日印发的《
关于深化公证工作改革的方案》（以下简称
《方案》）中又明确规定现有行政体制的公证处要尽快改为事业体制。改制后的公证处应成为执行国家公证职能、自主开展业务、独立承担责任、按市场规律和自律机制运行的公益性、非营利的事业法人。今后，不再审批设立行政体制的公证机构。在改革过渡期内，边远、贫困地区及近三年人均业务收入不足三万元的公证机构，可以暂时保持原行政体制不变，但应按事业单位的模式管理和运行。从以上规定可知，我国公证体制改革的目标是将公证机关纳入国家事业法人的行列，而不是完全市场化的社会中介组织，公证机关在组织形式上虽己不再属于行政机关，但其行使的仍然是国家行政职能，其所做出的行为属具体行政行为，即行政确认行为，公证机关虽然属事业法人，但其仍然具有行政主体的资格，属于经法律、法规授权行使一定行政职能的组织，[④]当事人对公证机关的违法公证行为不服或对由此而产生的损害提出赔偿请求可以通过行政诉讼的途径加以救济。公证机关由行政体制逐步过渡到事业体制表明了我国公证体制的改革贯彻了稳妥、渐进的改革方针，但从长远来看，随着我国市场经济的发展和完善，随着公证体制改革的深入，公证机关完全有可能过渡到市场主体的地位，参与到市场竞争中去，公证事务所（可采合伙制或合作制）有可能成为未来公证机构的主要表现形式，从国外来看，目前实行市场经济的西方国家大部分都实行公证人事务所制，如美、日、德、意等国。
