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再次，不能充分保障当事人的权利。鉴定结论作为一种证据资料，最终很可能成为认定被告人是否有罪的关键性证据，也即鉴定对被告人罪责乃至命运的影响是深刻的。在这样一种与被告人息息相关的诉讼证明手段的运用过程，忽视对被告人权利保护的规定和做法不能不说是有害的。在我国，鉴定启动权完全由公检法三机关垄断，当事人只有有限的参与权，即在侦查阶段对鉴定结论不服可以申请重新鉴定或补充鉴定。但这种权利只限于申请权而决定权在公检法三机关，对公检法三机关拒绝当事人的申请，当事人得不到任何救济，因而当事人申请权是一种没有保障的象征性权利，因其对公检法三机关没有约束力，也不会引起公检法三机关的重视，所以当事人的权利便不能得到充分的保护。
最后，会削弱被告方的防御权。我国在庭审中已经吸收借鉴了英美法系对抗诉讼模式，具有当事人主义的一些特征。这种庭审方式要求控辨双方对证据进行充分的质证而法居中裁判。但是由于公、检、法三机关垄断鉴定启动权，在法庭上的鉴定结论基本上是倾向于控方的，而缺少辨方的意见，无疑加了大控辨双方的不平衡，强化了控方的控诉，而削弱被告方的防御权。
三、合理确定我国鉴定启动权的归属
（一）关于确定我国鉴定启动权归属的各种观点
1．鉴定启动权应由公检法三机关拥有
持这种观点的人认为：①我国的诉讼制度虽有逐步向当事人主义靠拢的趋势，但目前仍属职权主义模式，仍然强调公检法机关的职能作用。②能保证提供鉴定的证据材料的真实。如果由当事人，或者代表当事人利益的律师来提供鉴定材料，他们为自己的利益，有可能提供虚假的鉴定材料。③有些鉴定材料非依科技手段、科学方法不能发现、提取、保存。当事人个人没有能力收集这类证据材料。④保证案件及时得到审理。公检法机关代表国家利益，必然会客观、细致、全面收集证据材料。⑤通过鉴定人制度可以避免当前鉴定中的缺陷和不足。
2．鉴定启动权部分归于当事人
有学者根据鉴定的具体对象和鉴定要求的不同，将鉴定材料的来源分为两个方面：一是司法机关收集的材料，二是当事人提供的鉴定材料，认为刑事自诉案件中，当事人可以向司法机关提供与案件事实有关的鉴定材料，要求司法机关鉴定，也可以委托律师聘请专家鉴定，将有关鉴定材料直接送交鉴定部门。也有学者将鉴定分为指定鉴定和委托鉴定，指定鉴定是指在需要进行科学鉴定时，办案机构指派本单位鉴定机构内的鉴定人员进行鉴定，而委托鉴定是指在需要进行科学鉴定时，有关当事人委托鉴定机构或者办案单位委托外单位的鉴定机构进行鉴定。
3．鉴定启动权完全归于控辨双方
持此观点的人认为既然庭审模式都发生了根本的变化，那么在鉴定制度上，也就当贯彻当事人委托鉴定制度，无论是公诉案件还是自诉案件。
4．公诉案件鉴定启动权按不同阶段分配，自诉案件当事人享有鉴定启动权
（1） 公诉案件
第一，侦查阶段，鉴定、补充鉴定或重新鉴定的决定权由侦查部门专有，公安机关、人民检察院在侦查阶段的调查取证和技术鉴定工作通常是在不公开的情况下进行的，应当保密，不宜外泄。与案件有关的各种鉴定，应当由公安机关或人民检察院自己的技术部门负责，或者由侦查机关聘请其它鉴定机构协助解决。
第二，审查起诉阶段，检察院和当事人都有权委托鉴定，审查起诉的办案人员如果认为作为证据使用的鉴定结论，需要进行复核或者补充、重新鉴定时，应有权进行复核、补充、重新鉴定。律师在审查起诉阶段认为有关问题应作鉴定而未作的，或者认为已作出的鉴定结论有错误，此时可以要求有关机关委托鉴定机关进行鉴定或重新鉴定，也可以直接委托鉴定机关对专门问题进行鉴定。
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