第一、拒不说明巨额财产来源不明的处罚罚不当罪。首先，如果在以巨额财产来源不明罪对被告人定罪判刑以后，又查明了巨额财产来源不明罪是通过其他犯罪活动获取的，是否应重新处理？若重新定罪判刑，则违反
刑法有关理论。因为根据
刑法理论，贪污、受贿、走私等犯罪和盗窃、抢夺等犯罪一样，其行为人持有经由这些犯罪所得之财产的行为一般不应是一种犯罪行为，即贪污、受贿、走私等行为不能和持有有关赃款赃物的行为同为犯罪。若不废除巨额财产来源不明罪可能使行为人持有经贪污、受贿、走私等犯罪所得之财产的行为和贪污、受贿、走私等行为同为犯罪行为，而且若重新处罚必定违背一事不再罚的原则，从而无端地加重了被告人的刑事责任。若是不予重新定罪，则违反我国刑法关于数罪并罚的规定。其次，若不法收入是通过贪污、受贿 、走私等严重犯罪行为获得的，但由于一时无法查明即以巨额财产来源不明罪定罪处罚，由于该罪与上述严重犯罪在构成要件要求及处刑轻重上的悬殊，必然会轻纵犯罪，以严惩公职人员违法犯罪行为为出发点的立法目的会落空，甚至适得其反。
而采用推定其为贪污犯罪则由于其与贪污罪作相同处罚，不会出现轻纵犯罪现象，符合立法目的。而且，即使以后查出其财产是由于贪污，受贿或走私等犯罪活动获得的，在重新定罪处罚时可按重罪吸收轻罪原则处理，择一重罪处罚，从而避免了刑罚的畸轻畸重。
第二、从
刑法上看，我国刑法所确立的主客观相统一的犯罪构成理论是认定一个人是否构成犯罪并追究其刑事责任的基本依据。将来源不明财产定为巨额财产来源不明罪，从主观上不能确定该行为主体是何种犯罪的罪过，客观上不能确定其实施了何种犯罪行为，亦无法确定其是否以犯罪行为侵犯了某种客体及侵犯的是何种客体，因此该罪在犯罪构成上是无法自圆其说的。而如果将来源不明的财产推定为贪污所得，成立贪污罪，则在犯罪构成四要件上均推定其与贪污犯罪的构成要件相同，既然将其独立成罪与视为贪污罪均系事实上推定之罪，则推定为贪污罪更符合
刑法理论，亦能自圆其说。⑦
第三、将来源不明的财产作为贪污罪处理的实质是将来源不明的财产推定为贪污犯罪所得之财源或财产的证据之一，其主要是证据规则中适用的一种推定，如香港1948年《防止贪污条例》的第12条标题为“证据特别规则”，这种推定是合理的，亦是允许的。而将来源不明的财产独立成为一个罪名，则系明显的推定之罪，而推定罪与无罪推定、举证责任等现代刑事诉讼理念是有冲突的，显有不合之处。
