（二）审判长的实体裁判决定权与立法规定的“均等表决权”的冲突。
我国法院组织法对审判长的职责虽未作出具体规定，但从该法关于“合议制”的规定看，合议庭决定案件的裁判是实行“少数服从多数”的原则，审判长与合议庭其他成员对案件实体裁判享有均等的表决权。质言之，审判长在合议庭中并不享有超越于合议庭其他成员的特殊职权。但这并不意味着审判长地位的设置毫无法律意义，从立法和司法实践上讲，审判长实际担负着组织做好庭审前的准备工作，主持案件庭审、评议等重要的程序控制和指挥职能。
《选任办法》关于审判长职责的部分规定，[6]明显将审判长在案件审判程序方面的控制和指挥职能，拓展到了案件的实体裁判领域。实际上是肯认了审判长在决定案件实体裁判上的主导职能，具有超然于合议庭其他成员的实体裁判决定权。尽管从规定看其主导权的实现受到一定的限制——需要借助于审判委员会讨论决定程序的有效启动和诉讼文书的审核签发权依规定权限行使，但这两项限制条件在实践中的多数情形下并不会产生实际的制约效果。加之在司法实践中合议庭其他成员在决定案件裁判时，往往缺乏行使“平等表决权”的强烈意识，这就使得审判长实体裁判决定权的扩张和主导更具有了现实的可能性。审判长实体裁判决定权扩张的结果是导致合议庭内部权力结构的失衡，势必动摇立法确立的“均等表决权”原则。
（三）非审判长法官的独立审判权丧失与立法规定的审判权行使主体的冲突。
由于选任的审判长是从具有法官资格的审判员、助理审判员中遴选产生，这就使得选任制度的推行必然导致既有法官群体的分化。从审判权限的角度观察，尽管
《选任办法》未对落选法官的审判权限作出限制规定，但从办法规定的意旨足以推断出这样的结论：当选审判长的法官不仅保有案件的程序审理权，而且享有独立的实体裁判权，成为真正意义上法官；而落选的多数法官则只能在审判长的指挥下执行审判案件的事务性职务，不仅没有获得法律本已赋予给他们的实体裁判权，就连以前拥有的独立的程序审理权也将面临丧失的危险。[7]一旦落选法官确定丧失依据法律享有和行使的审判权，这些法官还能被称为“法官”吗？受
法官法肯认和保护的法官审判职权，实际上被一个法律未作规定的事由强行褫夺了。在选任制度实践中，落选法官群体情绪波动，质疑之声鹊起——一个选任办法就剥夺了他们的审判职权，这合法吗？更为尴尬的是，许多法院遭遇了来自同级人大常委会的更为尖锐的质疑——人大常委会任命的法官没有了审判权，法院不是在变相行使人大常委会的法官任命权吗？由此足见，审判长选任制度排斥落选法官独立的审判权主体地位，与现行法关于审判权行使主体的规定存在着明显的冲突。
（四）当选审判长的低位阶与立法规定的法官等级评定制度的冲突。
《选任办法》在当选审判长的学历层次、法律专业素养等方面设置了较高的条件，在选任程序方面，审判长一般都要经过严格的考试和考核遴选产生。由于众所周知的诸多原因，现任法官中从事司法审判职业数十年，而在法官等级评定中被评定为高级法官的多数法官，在学历层次、法律专业素养等方面，较之近些年从法学院校毕业进入法院工作的年轻法官而言，明显处于劣势。考察选任制度的实践情况不难发现，这些高位阶的法官落选的不在少数，有些甚至因有“自知之明”而干脆放弃了参选。这样一来，审判长选任制度就为一大批年富力强，具有较高学历层次，受过法律专业训练的，处于低位阶的年轻法官能够当选为审判长，提供了适宜的制度条件，同时也充分体现审判长选任制度对改善法官素质结构，推进法官职业群体向高素质方向发展的积极价值。[8]但审判长选任制度推行的结果，会让我们通常看到这样的场景——低位阶的法官端坐在审判席中央担任审判长主持庭审，而坐在他（她）身旁的则可能是比他（她）位阶高得多的高级法官。这不得不使人生发这样的疑问——是选任制度出了问题，还是法官等级制度出了问题？为何出现如此不协调的景象？同时尤其应当指出的是，由于受“论资排辈”惯性思维的影响，一些落选的高位阶的法官一时难以在观念上接受这样的现实，这就为当选审判长的年轻法官充分履行职责带来了一定的障碍，从而会制约审判长选任制度在合议庭运作中的微观价值的实现。由此表明，审判长选任制度与法官等级制度之间存在着显著的冲突。
