单位下设机构根据其与单位隶属关系的独立性可分为两类。一类是法人内部的非独立性的职能部门，如营业部、公关部、工厂车间等，它们是不具有独立资格的内设机构，其决策权取决于上级主管部门或单位最高决策机关，所实施的危害社会的行为应由上级单位负责，其本身不能构成犯罪主体；另一类是具有相对独立性的机构，如公司的一些分公司、银行分支机构、大学的分院等，它们有的虽不具有法人资格，但其决策具有自主性，尤其是例如具有经营资格的分公司，在依法领取营业执照后，可以以自己的名义独立进行经营活动，并能对所作决策负法律责任，可以构成单位犯罪主体。这些下设机构在上级单位不知情的情况下，其负责人独立以下设机构的名义并为下设机构自身利益决定实施的犯罪，应单独由下设机构承担刑事责任。理由如下：
首先，这些下设机构具有相对独立性，符合单位犯罪主体构成要件。一个单位要具备单位犯罪的主体资格，必须具备合法性和独立性特征，即此单位必须是依法成立的合法组织，必须有自己独立支配的财产、经费，有意志上的决定自主权，具有独立的刑事行为能力和责任能力。这之中，独立性是其本质所在。“从追究单位犯罪刑事责任的目的与效果来看，是否独立的核算单位，乃是衡量是否相对独立单位的最重要标志。”[15] 而上述这些下设机构具有依法成立的合法性要件，一般有自己的名称、场所，并有相对独立由己支配的财产与经费，能为自己的意思表示并承担责任。因此，只要这些机构和组织有决策自主权，对外以自己的名义活动并承担责任，并且自收自支的经费或财务是单列的，即可成为单位犯罪的主体。例如，合并后学校中的分院，不仅能独立地开展教学科研活动，而且能以自己的名义从事经营活动，它们实施了符合
刑法规定的犯罪行为，就可直接对其定罪处罚，不一定非将整个学校定罪不可。如果把这些单位下设机构排斥在单位犯罪主体之外，无疑会造成单位犯罪主体的缺漏。
其次，对这些下设机构直接定罪处罚，符合
刑法理论上的罪责自负和罪刑相当原则。由于这些下设机构比自然人能量大、资金雄厚，因而造成的社会危害也大，如行政部门分支机构私分罚没款物，银行分支机构违规发放贷款，同样严重影响本单位的声誉和利益。而且，下设机构犯罪现象在当前大量存在，多为本机构集体负责人实施的为本机构谋取不正当利益的行为，构成了对社会、他人或其他单位合法权益的侵犯，具有刑事违法性，应当追究刑事责任。但是，单位下设机构犯罪并不完全等同于单位集体犯罪，其决策者较之单位整体犯罪的决策者“级别”要低，获取非法利益的主体范围也小于单位集体犯罪的主体，若把下设机构自行决定实施的犯罪一律归咎于单位头上，不免株连无辜，影响单位内部其他部门的利益，过份损害了整个单位的权益，与罪责自负和罪刑相当原则的实质相悖。
