由于公民对抗和侦查机关自律都不足以抑制警察暴力和权力滥用，以及“最大效率意味着最多的司法暴行”，正当程序还要求有中立的司法机关对侦查权力之行使持有警惕监督和审查的态度，进而形成完整的诉讼结构。显然，这里主要涉及的是诉讼职能区分问题和侦查程序构造问题。
正当程序理论首先认为诉讼职能的相互分化具有
宪法上分权制衡原理基础。同时，由于诉讼职能的背后存在着诉讼主体的利益机制，不同主体之间存在价值取向的矛盾和利益冲突，因而坚决反对诉讼职能的集中和混淆。“只要某一诉讼主体同时承担两种以上的诉讼职能，或者实施一些与其诉讼职能不相符的诉讼行为，那么诉讼主体就将会出现诉讼角色的混乱，违背诉讼活动的基本规律。”[21]
在诉讼职能区分的前提下，正当程序要求：a) 在整个刑事追诉过程中，始终存在控辩裁三种相互制衡职能，任何一种职能的阙如都使诉讼主体成为实质上的双方，而丧失了诉讼的性质。b) 在这三种职能中，控辩方积极推进诉讼进程；裁判方由于掌握程序性权利和实体性权利的最终决定权，因而应消极中立，超然于控辩双方之上。
具体到侦查程序中，由于需要裁判的只是被诉追人的程序性权利，侦查程序构造的核心即谋求侦查强权的有效制约。
正当程序理论对程序构造的设计是相当理想的，不论其是否在实际上纵容了罪犯，导致了犯罪率的升高；至少在理论上这种设计是完善的。反观我国刑事侦查程序，存在着侦查职能与司法裁判职能的混同，检察控诉职能与裁判职能、侦查职能的混同；刑事侦查程序由检察院、侦查机关、辩护方三方构成，法院并不介入侦查的司法控制，由于侦检双方属于本质上的控诉机关，极具行政追诉色彩。要移植正当程序理论的精神内核来对之进行改造，必须厘清几组问题：
（a）侦查职能与检察公诉是否同属控诉职能，是否可以混合运用？
（b）哪些侦查措施是强制措施，应当提请司法裁判？应依据什么标准划分强制措施与非强制措施？
（c）检察监督职能是否属于控诉职能或司法审判职能，还是二者兼而有之？
（d）检察监督职能是否可以和控诉职能混同运用？
笔者认为：a) 侦查职能与检察公诉同属控诉职能，原则上应分开运用，特殊情况下可以混合运用；b) 应依据是否应征得当事人同意为标准划分强制措施与非强制措施，侦查机关对强制措施不应有决定权，涉及程序性权利的最终决定都应由中立的司法裁判方作出。台湾学者陈朴生将侦查措施分为任意强制措施和强制强制措施，而我国现行刑诉法却规定，对物体的强制侦查如住宅搜查、扣押物证等不是强制措施，另还根据强制措施的力度不同，仅将逮捕的审查权赋予检察院，是不合宜的；c) 检察监督职能中审查起诉、监督侦查活动属于控诉职能，审查批捕属于裁判职能；d) 控诉职能不能与裁判职能混同运用。要用这些明确的职能区分来建构我国侦查程序构造，显然具有相当难度，必须同时对公检法三机关作改革：对侦查权进行司法改造；对检察权性质重新定位；考虑是否要将法院裁判引入侦查程序。
