主权国家体系作为人道主义干涉行为发生的环境与背景，其形成乃是国际关系从无序走向有序的过程的产物。 主权国家体系产生的标志是1648年签订的《威斯特伐利亚和约》，这个和约体系确认了每一个国家都享有处理内部事务和对外事务的最高权力；因此，这便从法律上赋予了国家主权平等地位。在国际政治法律关系中，主权国家主体便构成了合法共存的体系，从而构成了一种稳定的政治法律秩序。在这样一个国际政治法律体系中，各国出于确保自己的主权不受干涉考虑，对其他国家主权也都予以尊重。主权不容干涉因而便形成了一种规范——种有法律拘束力的规范，或者说已形成了“法律确信”。不干涉原则形成为法律，最早体现于国内法中；法国1793年
宪法第
119条规定：“法国人民决不干涉别国的政治。 他们也不容许别国干涉自己的政治。” 此后，“不干涉内政”逐渐形成为国际法的一条基本准则，在国联期间就有公约明确规定，任何国家都无权干涉别国内部事务。 《联合国宪章》第2条第7款规定：“本宪章不得认为授权联合国干涉在本质上属于任何国家国内管辖之事件，且并不要求将该项事件依本宪章提请解决。”1965年，鉴于世界各地干涉事件的不断增多，联合国大会又通过了一项不容许干涉各国内政和保护各国独立和主权的八点宣言。
在西方学界，大多数学者对不干涉主权的原则是持肯定态度的。约瑟夫•奈认为：不干涉主权国家的内部事务是国际法的一个基本准则，这个准则之所以是一个强有力的规范，是因为它影响到秩序与正义。在世界体系中，国家主权与不干涉是提供秩序的两个原则。与此同时，不干涉亦影响到正义；由于民族国家的人民有权在他们自己国家的边界内发展共同的生活，因此其他国家应当尊重他们的主权和领土完整。当然，并非所有国家都与这个理想相一致。在正义与秩序之间经常存在紧张关系，这种紧张关系导致在是否应当干涉的问题上出现不一致 。约瑟夫•奈对主权的这种态度，反映出一些西方学者在肯定主权原则时，亦试图为所谓的“正义”干涉留有余地。
自冷战结束以来，国际社会在人道主义与主权关系的态度上出现了一种非常值得关注的趋势——强调主权地位下降的思潮。表现在联合国内，如前联合国秘书长佩雷斯1991年认为，人们现在日益感到，不能把不干涉国家国内管辖权的原则视为可以大规模或系统地侵犯人权的保护性屏障。 佩雷斯的继任者加利1992年在《和平纲领》中说：“国家的根本主权和完整是取得国际任何共同进步的关键。但是，绝对和专属主权的时代已经过去；这种主权的理论也从来不符合事实。当今国家领导人的任务是了解这一点，设法平衡兼顾国内良好政治的需要与日益互相依存的世界的需要”。1999年4月7日，安南秘书长在日内瓦人权会议上表示：“我相信，一个反对压迫少数者暴行的国际性规范正在逐渐形成，并必将超越对主权的关心。” 尽管这种思潮尚未能动摇国家主权原则作为现代国际法的基石地位，但是，人道主义干涉的推行已经开始并日益严重地冲击着现存国际法体制，干扰着国家主权及国家主权原则的在国际关系中的实施。
人道主义干涉是一种强制性的、没经合法授权的、也未经一国同意而对该国内政所进行的干预，它与国家主权原则是相矛盾的。首先，由于人道主义干涉经常使用武力，通过军事手段达到干涉目的，因而它违背了国家之间在相互关系上不使用武力或武力相威胁的国际法原则。其次，它严重践踏和侵犯了一国主权，使该国主权至少在某些地区和某类事务上暂时不具有效力，这违背了国家主权原则不容侵犯的国际法基本准则。最后，人道主义干涉者必是另一主权国家（或主权国家集团），它（们）对其他国家主权的粗暴干涉，客观上造成一种干涉国国家主权高于被干涉国国家主权的事实状态；这也就破坏了国家主权平等的原则。
