学者们都注意到了行政指导负面效应，如，行政指导一般不能以 争讼手段加以审查，而给予受指导侵害之人以权利救济；使法治行政空洞化；行政责任不明确；指导程序不公开，透明度低。[4]　张维迎教授在谈到政府管制时认为，政策越模糊，权力就越大，政府官员很明白这个道理，所以有时将政策制定得含糊不清。市场本身确实有不完备的地方，但我们不能由此简单地推断管制一定能解决这个问题。国外几十年管制的经验、大量的案例已经证明，管制可能比市场做得更坏而不是更好。并不存在一个最优，我们只能选择次优。[10]世界银行在1997年发展报告中指出：“国家主导型干预，强调市场失灵和政府纠正这种失灵的中心作用，但从整个世界来看，这种隐含的制度假定太简单化了。”
　　　　进入二十世纪九十年代后，日本泡沫经济破灭，经济持续衰退。1995年日本学者Yukio Nogucbi出版了一部名为《1940年体制，永别了战时经济》的专著。在这本书中，作者指出，日本当前的经济问题是第二次世界大战的遗产。在世界大战中，政府对经济进行严厉管制，抑制市场作用以增加工业产出。日本现在所有重要经济制度和机构——从日本银行产业到日本独特的公司管理体制都不是战后发明，也不是传统文化产物，他认为当前经济是战时经济的继续。日本经济已经成熟，但是却因政治影响强大、生产效率低下的产业而背上沉重包袱。[11] 1995年后，东京协和信用社、东京安全信用社、宇宙信用社等数十家金融公司破产。尤其严重的是1997年11月三洋证券、北海道拓殖银行、日本第四大证券公司山一证券的破产更是震惊了全世界。这和日本金融系统内部违法事件不断，道德风险增加以及政府在监管上出现战略性失误是分不开的。而自1998年4月开始的日本金融自由化改革——“金融大爆炸”，其目的正是在于改变以往的那种以大藏省官僚的判断、决策为中心的保驾护航式的宏观管理制度，推进金融自由化。[11]　
　　　 美国哈佛大学经济学教授迈克尔·波特和日本一桥大学教授竹内弘高曾对日本政府的经济政策对日本经济的影响作了分析，结果出人意料——他们认为，日本政府的政策对经济造成的失误多于成功。在对日本不同的经济产业进行考察后，他们发现，在摩托车、汽车、游戏软件、传真机、机器人工业等在世界上领先的产业中，政府起着不少的作用，但很少干预竞争领域。而在飞机制造业、化学工业、服务业等失败的产业中，政府往往采取措施压制竞争，而这些产业是日本政府政策的重点对象。[12]

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