上述财政直接支付和财政授权支付流程，以现代化银行支付系统和财政信息管理系统的国库管理操作系统为基础。在这些系统尚未建立和完善前，财政国库支付执行机构或预算单位的支付令通过人工操作转到代理银行，代理银行通过现行银行清算系统向收款人付款，并在每天轧账前，与国库单一账户进行清算。
预算外资金的支付，逐步比照上述程序实施。
四、改革的配套措施
建立以国库单一账户体系为基础、资金缴拨以国库集中收付为主要形式的财政国库管理制度，是对财政资金的账户设置和收支缴拨方式的根本性变革，是一项十分庞大和复杂的系统工程。改革方案的实施，不仅涉及到改变现行预算编制方法和修订一系列相关法律法规，建立健全银行清算系统、财政管理信息系统、财政国库支付执行机构等必需的配套设施，而且涉及到改变传统观念，摆脱旧的管理方式的束缚。这项改革对加强财政管理监督，提高资金使用效益，从源头上防范腐败，具有重要意义。各地区、各部门、各单位要从讲政治的高度，在国务院统一领导和部署下，相互密切配合，积极支持改革，逐步实现预期的改革目标。
（一）进一步推进预算编制改革。参照国际通行做法并结合我国国情，改革政府收支分类，科学地反映各类财政收支活动，细化预算编制，全面推行部门预算制度，逐步使所有财政资金的支付建立在明晰的预算基础上，为顺利实施国库单一账户制度创造条件。
（二）修订和制定相关法律法规和管理办法。修订《中华人民共和国预算法》、《中华人民共和国预算法实施条例》、《中华人民共和国国家金库条例》、《中华人民共和国国家金库条例实施细则》、《财政总预算会计制度》，以及相关税收征管法规、行政事业单位会计制度等；相应制定《国库收入管理办法》和《收入退库管理办法》、《财政资金支付管理办法》，为改革提供法律保障。
（三）建立财政管理信息系统和国库管理操作系统。主要包括：预算编制系统和预算执行管理系统，保证预算资金的拨付符合预算安排和支出进度要求；收入管理系统，监控税收和非税收入征收情况；国库现金管理系统，及时反映国库每天的收支和平衡状况；国库收支总分类账系统，做到所有收支账目在一个系统中反映；债务管理系统，全面反映国债发行、偿还秕余额情况。通过上述管理系统，使各类财政收支在国库单一账户体系中实现高效、安全运行。
（四）建立健全现代化银行支付系统。要改变目前我国全国性电子化银行清算系统尚不完善的状况，逐步建立健全中国现代化支付系统，加快财政资金拨付的到账时间，提高国库单一账户清算业务的效率。
（五）建立财政国库支付执行机构。借鉴国际通行做法，建立财政国库支付执行机构。适当充实中国人民银行国库部门人员。财政国库支付执行机构专门负责办理财政直接支付和国库现金管理的具体业务，并进行相关的会计核算和监督检查等工作。机构人员主要从预算单位现有财务人员中选派。
