改革的指导思想是：根据发展社会主义市场经济的要求，进一步规范政府行为，继续深化和完善财税体制改革，正确处理税费关系，遏制各种乱收费。参照国际惯例，以税收为主体筹集交通基础设施维护和建设资金，促进汽车工业和道路、水路等相关事业的健康发展。
改革的基本原则是：第一，规范收费管理，取消不合法、不合理的收费项目，降低不合理的收费标准，从根本上减轻企事业单位和人民群众负担。第二，规范收入分配秩序，合理调节分配关系，建立科学的交通基础设施维护和建设投入的资金渠道。第三，多用路者多负担，少用路者少负担，鼓励节约能源和保护环境。第四，合理开征新税，进一步完善现行财税体制，增强国家财政宏观调控能力。
二、改革的主要内容
（一）取消不合法和不合理的收费项目。这类项目包括：地方和部门违反国家有关审批管理权限，越权设立的项目；以及虽按审批管理权限规定批准，但现已属于不合理的收费项目。具体项目由财政部会同国家计委向社会公布。各地区、各部门要层层建立和落实取消乱收费责任制，不得以任何理由直接或变相拖延甚至拒绝执行。凡是继续乱收费的，一经查出，要予以公开曝光，并追究有关地区和部门主要负责人和直接责任人的责任；对其非法所得一律没收上缴中央国库，并由中央财政按照查处乱收费金额一倍的数额，扣减对该地区的燃油税转发转移支付基数。公民、法人和其他社会组织有权拒交已取消的收费，有权举报乱收费行为，有权要求对乱收费造成的损失获得赔偿。
（二）将具有税收特征的收费实行“费改税”。具体是：开征车辆购置税取代车辆购置附加费；开征燃油税取代公路养路费、公路客货运附加费、公路运输管理费（包括海南省征收的燃油附加费用于公路养护、公路运输管理的收入部分，下同）、航道养护费（包括长江干线、黑龙江和内河，下同）、水路运输管理费、水运客货运附加费，以及地方用于公路、水路、城市道路维护和建设方面的部分收费。开征车辆购置税和燃油税后，相关收费同时废止。
（三）将不体现政府行为的收费转为经营性收费，严格按照经营性收费的规定进行管理。具体项目由财政部、国家计委向社会公布，并由国家计委会同有关部门制定管理办法。
（四）保留少量必要的规费，降低不合理的收费标准，实行规范化管理。保留的规费包括各级交通部门利用贷款或按照国家规定有偿集资修建公路、桥梁、隧道、渡口，以及各级建设部门利用贷款或按照国家规定有偿集资修建大型桥梁、隧道等，在还款期间收取的车辆通行费（过路费、过桥费、过隧道费、过渡费，下同）；各级交通部门贷款修建船闸收取的船舶过闸费；政府有关部门在交通和车辆管理过程中依法发放证照收取的机动车辆牌证（含行驶证）工本费、机动车驾驶证工本费、船舶证明签证费、船员证书工本费、机动车辆安全检验费、船舶登记费、强制性（法定）的船舶检验收费、航船港务费、港口建设费等。除此以外，任何地方和部门均不得设立与道路、水路维护和建设以及机动车辆、航船管理有关的收费项目。
对保留的收费项目，由财政部会同国家计委重新向社会公布，并规范管理；收费标准由国家计委会同财政部重新核定，其中车辆通行费收费标准由省、自治区、直辖市人民政府重新核定，港口建设费收费标准由财政部会同国家计委、交通部重新核定。收费标准过高的要降低，证书性工本费每证收费标准一般不得超过１０元。实施收费时，要按照有关规定到指定的价格主管部门申领收费许可证，并按照隶属关系分别使用财政部或省、自治区、直辖市财政部门统一印（监）制的收费票据；收取的资金分别纳入同级财政预算或预算外资金财政专户，实行“收支两条线”管理。改革收费收取方式，根据不同情况，分别实行银行代收和主管部门收取等办法。
